SSuMMo

SSuMMo adalah perpustakaan fungsi dirancang di sekitar iteratif menggunakan hmmer untuk menetapkan urutan ke taksa & nbsp;. Hasil pohon yang sangat dijelaskan menunjukkan spesies / distribusi genus dalam komunitas itu.
Program yang disertakan dengan kode sumber termasuk alat untuk: -
- Membangun database hirarkis tersembunyi Markov Model - dictify.py;
- Mengalokasikan urutan ke diakui nama taksonomi - SSUMMO.py;
- Menganalisis keanekaragaman hayati, menggunakan Simpson, Shannon & rankAbundance.py methods- lainnya;
- Memvisualisasikan hasil sebagai cladograms dengan kemampuan yang berbeda untuk dengan mudah cross-bandingkan dataset - comparative_results.py
- Mengkonversi hasil ke format phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Representasi membangun html - dict_to_html.py.
- Kurva penghalusan plot dan menghitung sesuai indeks keanekaragaman hayati
Source code Python disediakan di sini, pada kode google. Database prebuilt hirarkis HMMs, serta database SQL taksonomi dioptimalkan (digunakan untuk menyimpulkan jajaran masing-masing takson) dapat didownload dari: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Untuk menginstal informasi, silahkan lihat README. Untuk informasi penggunaan, ada wiki (di atas), dan User Manual awal telah ditambahkan ke batang svn

Persyaratan :.

• Python