goby

goby adalah API Python untuk membaca file data biner yang dibuat dengan menggunakan Goby next-gen kerangka kerja manajemen data.
Biasanya, direktori ini datang sebagai bagian dari paket Goby lengkap, tersedia dari:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Paket lengkap termasuk kode sumber Java. Jika Anda download paket ini dari PyPI atau lainnya sumber-Python tertentu, Anda mungkin telah menerima hanya Python bagian dari kode.
Pengembangan Peringatan
The Goby Python perpustakaan yang tidak matang sebagai implementasi Java. Mungkin lebih buggy dan tidak dimaksudkan untuk memberikan set lengkap fitur yang ditemukan dalam versi Jawa.
Instalasi:
& Nbsp; 1. Pastikan Anda memiliki Python 2.5 atau yang lebih baru. Jika ragu, jalankan:
python -V
& Nbsp; 2. Download dan menginstal paket prasyarat python:
& Nbsp; 1. Buffer protokol
& Nbsp; Tersedia dari http://code.google.com/p/protobuf/ atau PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python pengganti java.util.Properties
& Nbsp; Tersedia dari http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Instal paket Goby:
python setup.py install
& Nbsp; Langkah ini mungkin memerlukan hak superuser.
Penggunaan:
Contoh skrip yang disediakan untuk menunjukkan bagaimana untuk mengakses isi file Goby di Python.
& Nbsp; * Berikut adalah cara untuk memindai file Goby keselarasan:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(File basename.entries dan basename.header harus keluar.)
& Nbsp; * Perintah selanjutnya akan mencetak isi dari file keselarasan sebagai teks:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Perintah selanjutnya akan mengkonversi kompak membaca file ke format fasta:
GobyCompactToFasta.py file.compact-membaca
& Nbsp; * Perintah selanjutnya akan mencetak statistik tentang isi kompak membaca file:
GobyReadsStats.py file.compact-membaca

Persyaratan :

• Python