Staden Paket adalah seperangkat dikembangkan sepenuhnya perakitan urutan DNA (Gap4), editing dan alat analisis (spin) untuk Unix, Linux, MacOSX dan MS Windows.
Di depan Gap4 ada beberapa minor bergabung terkait
perbaikan dalam bagaimana skor bergabung di Cari internal Bergabung dan
fungsi dari tombol menyelaraskan dalam Bergabunglah Editor.
Juga konsekuensi untuk gap4 adalah berbagai perubahan io_lib (yang
perpustakaan untuk semua I / O ke berbagai format file jejak). Dengan penambahan
program hash_exp baru sekarang memungkinkan untuk file percobaan untuk
digabungkan bersama-sama dan diindeks. Daftar nama file eksperimen
harus stil dipasok ke gap4, tapi disediakan lingkungan EXP_PATH
variabel telah diatur dengan benar gap4 akan dapat mengambil individu
urutan dari file percobaan bersambung
arsip. Perbaikan antarmuka pengguna untuk ini masih perlu
dibuat.
454 SFF arsip sekarang lebih baik didukung. The defsult 454 indeks
sekarang bekerja, meskipun program hash_sff dapat digunakan untuk memberikan
strategi pengindeksan alternatif (mungkin lebih cepat dalam beberapa kasus).
Gap4 dan trev juga memiliki tampilan gaya lain jejak jejak yang
memiliki 1 sampel scan (saluran x4) per panggilan dasar. Dalam hal ini dapat
juga menarik 4 nilai keyakinan bukan 1 per basis. Kemampuan ini
akan memungkinkan integrasi yang lebih baik dari Solexa jejak ketika lebih mudah
tersedia.
Ditambah tentu saja campuran biasa perbaikan bug dan tweak kecil. Lihat
log penuh perubahan untuk rincian (melalui situs SourceForge).
Perubahan penting lainnya
Gap4
Komentar tidak ditemukan