tigreBrowser

tigreBrowser adalah ekspresi gen Model Browser untuk hasil dari paket R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Instalasi:
tigreBrowser membutuhkan Python versi> = 2.5. tigreBrowser dapat diinstal dengan perintah berikut:
python setup.py install
Untuk informasi lebih lanjut tentang menginstal modul python (misalnya, menginstal tanpa akses root untuk pengguna saat ini saja), lihat http://docs.python.org/install/
Server Mulai
Web server termasuk dalam tigreBrowser harus berjalan untuk menggunakan browser hasil aktual.
Anda akan memerlukan file database yang dihasilkan oleh paket R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Paket ini berisi file database test 'database.sqlite' yang dapat digunakan untuk menguji tigreBrowser. Database uji dihasilkan dengan menggunakan petunjuk dan contoh data yang termasuk dalam paket tigre.
Jalankan tigreServer.py untuk memulai antarmuka pengguna grafis dari server. Untuk memulai browser hasil, yang pertama harus memilih file database yang hasilnya akan ditampilkan. Hal ini dapat dicapai dengan memilih 'Buka file database' dan memilih file database. File database tidak harus memiliki hak akses tulis. Server kemudian dapat dimulai dengan mengklik 'Mulai server. Ketika diklik, label muncul di bawah tombol untuk menunjukkan URL dari browser hasil.
Hasil browser sekarang dapat diakses di URL menggunakan web browser biasa. Petunjuk tentang menggunakan browser berada di bagian berikutnya dari panduan ini. Browser ini tersedia sampai server dihentikan dengan 'Hentikan server tombol.
tigreServer.py juga dapat digunakan dengan antarmuka baris perintah. Mulai script dengan 'help' pilihan untuk lebih jelasnya.
Menggunakan browser
Temukan dataset
Pemilihan dataset menentukan hasilnya akan terlihat dalam daftar hasil dan di mana. Percobaan mengatur pilihan digunakan untuk memilih set percobaan. Hanya hasil dari percobaan ini akan ditampilkan dalam daftar.
Berikutnya dalam pemilihan dataset adalah pemilihan faktor transkripsi (TF) atau target yang ditetapkan, tergantung pada apakah browser hasil diatur untuk Target modus atau regulator Peringkat peringkat modus (lihat instalasi). Dalam modus sasaran peringkat, pemilihan TF tersedia dan daftar hasil berisi hasil untuk target yang berbeda dengan TF yang diberikan. Dalam modus regulator peringkat, target yang ditetapkan dipilih dan daftar akan menampilkan hasil untuk regulator yang berbeda.
Karena jumlah hasilnya bisa tinggi, hasil mungkin dibagi menjadi beberapa halaman. "Jumlah gen per halaman" pilihan dapat digunakan untuk mengatur jumlah hasil menunjukkan. Hal ini dapat berguna untuk mengurangi jumlah hasil jika beban halaman lambat karena sejumlah besar gambar.
Akhirnya, urutan hasilnya menunjukkan dapat diubah dengan "Urutkan berdasarkan" seleksi. Hasilnya akan diurutkan descendingly oleh kriteria yang diberikan.
Penyaringan
Hasil dapat disaring oleh kriteria yang berbeda. Satu dapat, misalnya, hanya menampilkan hasil untuk gen yang memiliki z-skor yang lebih tinggi dari batas tertentu.
Hal ini dimungkinkan untuk menggabungkan beberapa kriteria saat penyaringan. "[+]" Link dapat digunakan untuk menambah kriteria lain. Kriteria A dapat juga dihapus menggunakan "[-]" link (tidak menunjukkan ketika hanya ada satu kriteria). Ketika beberapa kriteria yang digunakan, hasil gen harus memenuhi semua kriteria yang akan menunjukkan dalam daftar.
Penyaringan diaktifkan menggunakan "Terapkan filter" kotak centang.
Menyoroti
Jika gen dalam database berisi data tambahan, hasilnya dapat disorot dengan menggunakan data tersebut. Pilihan yang tersedia adalah menyoroti menunjukkan dengan warna yang berhubungan dengan orang-orang pilihan.
The menyoroti karya dengan menunjukkan kotak berwarna di bawah nama penyelidikan di daftar hasil gen yang memiliki data tambahan yang cocok seleksi.
Pencarian
Hal ini dimungkinkan untuk hasil untuk gen tertentu mencari. Pencarian karya dengan mengetik dipisahkan koma daftar nama gen atau probe ke kotak pencarian. Alias ​​gen juga dapat digunakan sebagai entri pencarian.
Hasil Menampilkan
Hasil pemilihan tertentu dataset, filter, highlight dan pencarian akan menunjukkan ketika "Kirim" tombol diklik. Database kemudian akan bertanya untuk hasil yang sesuai dengan pilihan yang diberikan. "Reset" tombol dapat digunakan untuk menghapus semua pilihan dan textfield.
Daftar hasil berisi beberapa kolom. Pada kolom pertama nama penyelidikan ditampilkan dengan GENENAME terkait dengan probe. Di samping nama gen, adalah sosok ekspresi gen jika didefinisikan dalam database. Kolom berikut berisi hasil aktual untuk gen. Setiap data tambahan juga ditampilkan di sini. Angka percobaan akan ditampilkan di samping nilai-nilai hasil.
. Akhirnya, parameter eksperimen, jika dimasukkan ke dalam database, akan ditampilkan sebagai meja sebelah angka

Persyaratan :

• Python