Genepidgin adalah seperangkat alat Python yang membantu dalam evaluasi dan gen tugas nama produk & nbsp; Ada tiga komponen utama.:genepidgin * bersih *& Nbsp; standarisasi nama gen per pedoman penamaan UNIPROTgenepidgin * membandingkan *& Nbsp;...
LANGKAH adalah paket untuk simulasi stokastik yang tepat dari sistem reaksi-difusi dalam geometri 3D sewenang-wenang kompleks. Algoritma simulasi inti kami adalah implementasi Gillespie SSA, diperluas untuk menangani difusi molekul atas unsur-unsur mesh...
TRMiner adalah utilitas Python yang bertujuan kurator data ilmiah & nbsp;. Hal ini memungkinkan untuk cepat memangkas koleksi besar publikasi ilmiah untuk kalimat yang relevan untuk tujuan pertambangan yang diberikan.Hal ini dicapai dalam dua langkah....
Bioinformatika benchmark Sistem adalah upaya untuk membangun kerangka kerja yang wajar pengujian, tes, dan data, yang memungkinkan pengguna akhir dan vendor untuk menyelidiki kinerja sistem mereka.Apa yang kita coba lakukan adalah untuk menciptakan...
Staden Paket adalah seperangkat dikembangkan sepenuhnya perakitan urutan DNA (Gap4), editing dan alat analisis (spin) untuk Unix, Linux, MacOSX dan MS Windows.Di depan Gap4 ada beberapa minor bergabung terkaitperbaikan dalam bagaimana skor bergabung di...
AREM adalah berdasarkan MACS (Analisis Berbasis Model untuk data CHIP-Seq).Tinggi-throughput sequencing digabungkan dengan kromatin presipitasi immuno- (CHIP-Seq) secara luas digunakan dalam menggambarkan genome pola mengikat faktor transkripsi, kofaktor,...
seriesoftubes adalah pipa diperpanjang untuk Solexa Data CHIP-seq.Dokumentasi paket Persyaratan : ...
MetagenomeDB adalah perpustakaan Python dirancang untuk mudah menyimpan, mengambil dan keterangan urutan metagenomic & nbsp;. MetagenomeDB bertindak sebagai lapisan abstraksi di atas database MongoDB. Ini menyediakan API untuk membuat dan memodifikasi dan...
Seal adalah modul Python yang menyediakan urutan keselarasan pada Hadoop.Seal adalah aplikasi MapReduce untuk biologi urutan keselarasan. Ini berjalan pada Hadoop (http://hadoop.apache.org) melalui Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), Python MapReduce...
MISO (Campuran isoform) adalah kerangka probabilistik ditulis dengan Python yang quantitates tingkat ekspresi & nbsp; gen alternatif disambung dari data RNA-Seq, dan mengidentifikasi isoform diatur berbeda atau ekson seluruh sampel.Dengan pemodelan proses...
