MACS2 adalah alat analisis berbasis model untuk data CHIP-Seq.
Dengan perbaikan teknik sequencing, kromatin immunoprecipitation diikuti oleh sekuensing throughput yang tinggi (CHIP-Seq) semakin populer untuk mempelajari interaksi protein-DNA genome-wide. Untuk mengatasi kekurangan metode analisis CHIP-Seq kuat, kami menyajikan algoritma baru, bernama Analisis Model berbasis CHIP-Seq (MACS), untuk mengidentifikasi faktor transkrip situs mengikat. MACS menangkap pengaruh kompleksitas genom untuk mengevaluasi signifikansi diperkaya daerah CHIP, dan MACS meningkatkan resolusi spasial mengikat situs melalui menggabungkan informasi dari kedua tag posisi sequencing dan orientasi. . MACS dapat dengan mudah digunakan untuk data CHIP-Seq sendiri, atau dengan sampel kontrol dengan peningkatan spesifisitas
Persyaratan :
- Python
Komentar tidak ditemukan