LANGKAH adalah paket untuk simulasi stokastik yang tepat dari sistem reaksi-difusi dalam geometri 3D sewenang-wenang kompleks. Algoritma simulasi inti kami adalah implementasi Gillespie SSA, diperluas untuk menangani difusi molekul atas unsur-unsur mesh tetrahedral 3D.
Sementara itu terutama dikembangkan untuk simulasi model rinci jalur sinyal saraf dalam dendrit dan sekitar sinapsis, itu adalah alat umum dan dapat digunakan untuk mempelajari setiap jalur biokimia di mana gradien spasial dan morfologi diperkirakan memainkan peran.
Kami telah menerapkan LANGKAH sebagai satu set modul Python, yang berarti LANGKAH pengguna dapat menggunakan script Python untuk mengontrol semua aspek pengaturan model, menghasilkan mesh, mengendalikan simulasi dan menghasilkan dan menganalisis output. Rutinitas inti komputasi masih diimplementasikan sebagai modul ekstensi C / C ++ untuk kecepatan maksimal eksekusi.
. LANGKAH didistribusikan di bawah lisensi GPL v3
Persyaratan :
- Python
Komentar tidak ditemukan