POY

POY adalah program analisis filogenetik yang mendukung beberapa jenis data (misalnya morfologi, nukleotida, gen dan daerah gen, kromosom, dan seluruh genom). POY adalah khusus dalam bahwa hal itu dapat melakukan yang benar keselarasan dan filogeni inferensi yaitu urutan masukan tidak perlu untuk prealigned. Sisipan, penghapusan, dan penyusunan ulang, kemudian dimasukkan dalam nilai pohon secara keseluruhan di bawah maksimum parsimoni, atau model di bawah Maximum Likelihood. Berbagai algoritma heuristik telah dikembangkan untuk tujuan ini dan diimplementasikan di POY.