Malign

The beberapa prosedur keselarasan dilaksanakan di memfitnah kesejajaran dekat dengan yang digunakan untuk mencari minimum cladograms panjang. Logika dan Program perintah akan jelas bagi mereka yang akrab dengan program seperti Hennig86, NONA, dan PAUP. Topologi keselarasan dibangun melalui urutan yang berbeda dan ditingkatkan melalui cabang swapping. Setiap topologi keselarasan menghasilkan keselarasan beberapa dan cladograms dibangun dari keselarasan itu. Biaya cladogram paling pelit kemudian ditugaskan sebagai biaya keselarasan beberapa.