Marvin

Proyek Marvin menawarkan koleksi alat Java untuk menggambar, menampilkan dan karakterisasi struktur kimia, substruktur dan reaksi.
Marvin dapat dengan mudah diinstal pada desktop Anda dan mulus diintegrasikan ke dalam halaman web dan aplikasi pihak ketiga melalui nya Application Programming Interface (API).
The Marvin keluarga terdiri dari alat-alat berikut:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applet atau Beans?
Marvin tersedia dalam dua paket tergantung pada penggunaan:
* Marvin Applet untuk pengembang web
* Marvin Beans untuk desktop kimia dan untuk pengembang perangkat lunak.
Marvin Applet adalah alat untuk membangun halaman web kimia, yang kompatibel dengan kebanyakan browser (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, dll) Mereka menawarkan akses dari / ke JavaScript dan dapat disesuaikan dengan parameter applet.
Marvin Kacang aplikasi mudah diinstal untuk desktop dan alat untuk mengintegrasikan kemampuan Marvin ke aplikasi Java

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• MarvinSketch:
• database pencarian Publik di chemicalize.org.
• Kemungkinan untuk mengubah urutan ligan di MarvinSketch.
• Kabut efek dapat dikontrol dengan berbagai cara:
• Ada slider pada tab Display dialog Preferences di Sketch / View GUI untuk mengatur kekuatan kabut-efek dan kotak centang untuk menonaktifkan kabut-efek otomatis.
• Applet dan kacang parameter diperkenalkan: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum topik).
• Menempelkan ke titik lampiran kelompok tidak secara otomatis ungroup Sgroup lagi.
• Penentuan kadar S-kelompok:. Multiple dan generik S-kelompok harus berisi seluruh subgraph antara obligasi melintasi kurung
• Update konten S-group jika posisi braket berubah: baik kurung atau struktur tersebut akan dipindahkan
.
• embedding S-kelompok dan tumpang tindih diperiksa di cek konsistensi molekul.
• SMARTS impor mendukung karbon alifatik dengan ikatan ganda (topik forum).
• SMILES impor / ekspor mendukung allenes.
• Menghasilkan nama tradisional untuk fragmen di dalam kompleks yang lebih besar (misalnya & quot; dekstrometorfan hidrobromida & quot;).
Dukungan untuk Nomor CAS konversi.
• Peningkatan koreksi kesalahan OCR di DocumentExtractor (koma hilang, misrecognized jenis kurung, spasi, ...).
• Dokumen Extractor pada dokumen PDF sekarang memberikan nomor halaman hits.
• Peningkatan dukungan untuk nama-nama umum dalam struktur-to-nama dan nama-to-struktur. Dukungan umum untuk nama impor meningkat sekitar 5% untuk umum dan 10% untuk nama sistematis. Kecepatan konversi yang meningkat sekitar 20%.
• JChem dan Marvin Beans installer untuk Windows juga ekstrak shell script untuk cygwin.
• Pertahankan kelompok exocycyclic dalam kerangka Bemis-Murcko.
• Halogen dapat memiliki lebih dari satu sambungan pada saat pencacahan.
• obligasi aromatik dipertimbangkan selama menghitung jumlah ikatan ganda untuk memeriksa properti homologi.
• modus seleksi Lasso dapat diatur untuk menjadi default di MSketchPane (topik forum).
• Sebuah fungsi baru, isChiral telah ditambahkan ke TopologyAnalyzer.
• New reaksi kimia Syarat fungsi: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Perbaikan bug:
• Nama kotak tidak diperbarui setelah pembuatan grup karena menciptakan sebuah kelompok tidak meningkatkan grafik jumlah perubahan invarian (topik forum).
• aplikasi MarvinSketch tidak mengerti & quot; - {name} & quot; parameter baris perintah.
• Ketika Struktur & gt; Cari struktur menu secara online itu dipanggil di Linux, browser bawaan tidak bisa terdeteksi untuk menampilkan hasil (topik forum).
• Pemuatan file isotopes.data dari cache java gagal jika versi terkompresi yang disimpan dalam cache (yaitu jika uncompression itu dilakukan secara otomatis oleh webserver, dan bukan oleh Marvin). Topik forum, dokumentasi.
• benda grafis tidak ditampilkan dalam hasil window Geometri Plugin.
• Pada elektron-aliran panah, kotak biru untuk menyoroti itu meleset (topik forum).
• agar Ligan tidak ditampilkan pada perancah jika definisi yang dihapus, bahkan jika & quot; Selalu & quot; pilihan tampilan ditetapkan untuk & quot; Ligan Pesanan & quot; pada dialog preferensi.
• Indeks atom multicenter menjadi korup setelah mengekspor ke dalam format MDL Mol jika itu terhubung ke R-kelompok.
• Panah menempel persegi panjang yang rusak selama MRV impor / ekspor (topik forum).
• Impor dari 1 huruf peptida gagal pada Histidin tunggal (topik forum).
• hidrogen implisit yang hilang dengan mengimpor dari SKC.
• nilai properti Null dari MolAtom tidak diekspor / diimpor dalam format MRV
.
• Dengan mengimpor SMARTS tertentu, salah jenis obligasi ditentukan bukan tunggal atau aromatik obligasi.
• kurung tertentu yang diimpor dari file CDX ditarik di ChemDraw dipajang ke arah yang salah.
• SMARTS ekspor:. 1-atom tetangga ikatan tunggal dari cincin aromatik diekspor sebagai ikatan tunggal bukan tunggal / aromatik
• Mengekspor pertanyaan dengan link node dan R-kelompok dalam format SMARTS tidak benar.
• Penanganan H atom adalah ambigu dalam SMARTS ekspresi.
• Mol berkas komentar bidang impor gagal.
• Mengimpor SMILES tertentu yang salah (topik forum).
• Jika template berisi bagian rantai yang dapat ditemukan di target sebagai bagian dari cincin (atau sistem cincin) kita harus mengabaikan bagian dari template.
• The Fine dengan Hydrogenize pilihan Clean3D tidak ungroup S-kelompok otomatis (topik forum).
• Molecule.contractSgroups () kacau koordinat molekul (forum topik).
• hidrogen eksplisit tidak benar diperhitungkan dalam perhitungan stereokimia Cis / Trans.
• tautomer pembangkit melemparkan ArrayIndexOutOfBoundsException dalam beberapa kasus.
• Homologi pencacahan menghasilkan molekul konsisten untuk beberapa masukan VMN.
• biaya Salah hitung setelah menerapkan CovalentCounterion fixer.
• Log format output dari baris perintah StructureChecker berbeda dari format output dari wizard.
• ChiralFlagErrorChecker tidak menangani chirality benar. Alih-alih menghitung chirality dari data paritas, digunakan sebuah implementasi berdasarkan metode isChiral dari TopologyAnalyser.

Apa yang baru dalam versi 5.4.0.1:

• Highlighting panah aliran elektron yang salah ketika dasar atau titik akhir adalah ikatan (topik forum).
• konfigurasi menu Serial tidak bekerja.
• Indeks atom multicenter itu tidak benar dibuat selama MDL MOLFile ekspor dalam kasus struktur dimana R-kelompok terhubung ke atom multicenter (obligasi variasi posisi).
• hidrogen implisit yang hilang dari atom setelah impor atau pasta struktur di ISIS / Symyx format file Sketch (format file SKC).
• file CDX termasuk objek grafis diputar diekspor dari versi lama ChemDraw tidak bisa diimpor.
• perhitungan tautomer
• tautomer Generik tidak cukup unik dalam beberapa kasus. Karena memperbaiki, yang tautomer generik disediakan bentuk aromatik.
• perhitungan tautomer Canoncical telah ditingkatkan karena memperbaiki dari dearomatization.
• struktur tertentu dengan hidrogen eksplisit terhubung dengan ikatan wedge memberikan pengecualian selama tautomerization generik.
• perhitungan Volume hilang dari cxcalc.
• Struktur Checker melemparkan NullPointerException bukannya mengabaikan file konfigurasi yang salah.

Apa yang baru dalam versi 5.1.03.2:

• IUPAC Nama impor: mengkonversi nama IUPAC struktur.
• OLE 2 dukungan:. Meningkatkan dukungan dari paste MarvinSketch objek ke dalam dokumen kantor MS
• Kimia Syarat:. Tersedia dari Marvin di baris perintah, API dan dapat digunakan dalam skrip Java (applet)
• Dipercepat inisialisasi MarvinSketch dan MarvinView saat startup, baik sebagai versi mandiri, dan sebagai komponen diimplementasikan dalam aplikasi lain.

Persyaratan :

• 2 Runtime Environment Standard Edition Jawa