CaPSID

kapsid adalah sebuah platform yang komprehensif open source yang mengintegrasikan pipa komputasi kinerja tinggi untuk identifikasi urutan patogen & nbsp; dan karakterisasi dalam genom manusia dan transcriptomes bersama-sama dengan hasil database yang scalable dan aplikasi perangkat lunak berbasis web yang user-friendly untuk mengelola, query dan memvisualisasikan hasil.
Persiapan
Anda akan membutuhkan database MongoDB, Python 2.6+ instalasi dan Apache Tomcat 6 +. Untuk lebih jelasnya, baca wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What baru dalam rilis ini:

• Perbaikan Pesan galat saat menjalankan pengurangan dan keselarasan tidak ditemukan
• bekerja lebih pada memperbaiki query berjalan lama

Apa yang baru dalam versi 1.4.2:

• Menghapus MongoKit ketergantungan

Apa yang baru dalam versi 1.4.1:

• Perbaikan kursor batas waktu lama query statistik berjalan

Apa yang baru dalam versi 1.4.0:

• Menambahkan statistik saat mereka sedang berjalan daripada semua pada akhir
• Menyimpan id unik untuk gen sebagai uid

Apa yang baru dalam versi 1.2.7:

• Perbaikan README

Apa yang baru dalam versi 1.2.6:

• Pengurangan menyaring belum dipetakan ketika bangunan yang dipetakan dibaca

Apa yang baru dalam versi 1.2:

• Utility untuk membuat file FastQ dari belum dipetakan membaca
• Utility untuk mengembalikan persimpangan file FastQ
• Utility untuk mengembalikan file penyaring FastQ
• Ditambahkan mapq ambang bendera untuk pengurangan
• Gbloader sekarang dapat memuat bakteri dan jamur genom
• Menyimpan urutan genom ke database menggunakan GridFS
• Mengurangi jejak memori ketika menghitung statistik
• menggunakan subproses bukannya os.system
• skor mapq Filter perlu menyertakan 0

Apa yang baru di versi 1.1:

• Menambahkan dukungan untuk pasangan-end membaca

Apa yang baru di versi 1.0.1:

• Ditambahkan dukungan untuk otentikasi MongoDB

Persyaratan :

• Python