CLC Main Workbench

demo fungsional 4 minggu penuh ini dari CLC Gabungan Workbench mengumpulkan semua urutan DNA analisis CLC Gene Workbench dan semua urutan protein analisis CLC Protein Workbench. Semua analisis yang terintegrasi dalam satu tunggal, user-friendly, dan intuitif perangkat lunak aplikasi

​​ Apa yang baru dalam rilis ini:.

Perbaikan

• Updated daftar enzim restriksi dari rebase & nbsp;.

• tetap masalah dengan menjalankan BLAST di MacOS Sierra
• Updated Pfam link & nbsp;. dilaporkan oleh Pfam alat domain Cari
• Memperbaiki masalah diperkenalkan pada & nbsp;.. CLC Main Workbench 7.7.2 di mana enzim terdaftar menurut abjad setelah RdeGBI yang hilang informasi metilasi
• Berbagai perbaikan bug minor

Apa yang baru di versi 7.7.2:

Alur kerja

output
• Workflow sekarang dapat dikonfigurasi sehingga subfolder mengandung output yang tercipta.
• placeholder baru tersedia ketika mendefinisikan nama-nama output alur kerja: {user}, {tuan}, dan untuk elemen dari timestamp dari objek output, {tahun}, {bulan}, {hari}, {jam}, {menit}, {kedua}.
• Placeholders dalam nama keluaran alur kerja yang sebelumnya tersedia hanya sebagai angka sekarang dapat ditentukan dengan menggunakan nama-nama yang ditulis: {nama} adalah sinonim untuk {1} dan {masukan} adalah sinonim untuk {2}
.
• 
  

  Bila menggunakan {2} tempat untuk penamaan kustom dalam elemen keluaran alur kerja, hanya dibuka masukan akan dimasukkan dalam nama yang dihasilkan.

  
  
• 
  

  Dalam pdf yang dihasilkan menunjukkan semua parameter yang dikonfigurasi dari alur kerja, entri untuk parameter terhubung ke alat atau elemen input sekarang daftar nama-nama unsur-unsur yang menentukan. Sebelumnya daftar parameter untuk elemen seperti itu dibiarkan kosong.

  
  
• 
  

  Dimana nama alat telah diubah dalam alur kerja, nama asli sekarang termasuk di samping nama berubah ketika mengekspor parameter alur kerja.

• 
  

  Pandangan Sejarah elemen data yang dibuat menggunakan alur kerja sekarang mencakup informasi tentang alur kerja yang menciptakan mereka.

  
  
• Urutan alat dalam alur kerja "Add Element" menu sekarang sesuai dengan urutan menu Workbench Toolbox.
• Peningkatan validasi alur kerja untuk membantu pengguna dalam mengidentifikasi input yang akan diabaikan karena konfigurasi elemen alur kerja.

& nbsp;

& nbsp;

• Alat Quick Launch sekarang ditemukan di bawah menu Toolbox bukan menu View dan tombol yang disebut Launch yang membawa alat ini telah ditambahkan ke toolbar.

• Analisis sekarang dapat diluncurkan pada elemen data yang tercantum dalam tabel hasil pencarian lokal dengan memilih unsur-unsur kepentingan, klik kanan dengan mouse dan menavigasi melalui menu konteks yang muncul.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp;. "Hapus Association (s)" pilihan untuk menghapus asosiasi metadata dari elemen data yang dipilih telah ditambahkan dosa Metadata Elemen lihat di menu konteks klik kanan

• Dalam Metadata Menemukan data Associated melihatnya sekarang juga memungkinkan untuk menggunakan Cari di Kawasan Navigasi ketika beberapa baris yang dipilih.

  
  
• Ketika mengimpor metadata dari spreadsheet dengan rumus di dalamnya, hasil evaluasi dari rumus (seperti yang ditampilkan dalam Excel) sekarang diimpor daripada formula itu sendiri.

& nbsp;

• Semua server komunikasi NCBI sekarang dienkripsi. (NCBI akan bergerak semua layanan web untuk protokol HTTPS pada September 30, 2016) & nbsp;.

  
  

• Daftar enzim pra-instal di meja kerja & nbsp;. Telah diperbarui dari Rebase

  
  

• Opsi "tidak ada dalam daftar" telah diperkenalkan sebagai pilihan tabel penyaringan baru.

  
  

• Baca rincian grup sekarang ditampilkan pada Elemen Info pandangan urutan daftar.

  
  

• GenBank impor sekarang juga memungkinkan untuk nama file dengan ekstensi 'GBFF'.

  
  

• "Urut folder" tool sekarang menggunakan penyortiran numerik untuk nama file diawali dengan angka.

• placeholder baru tersedia ketika mendefinisikan nama-nama output eksportir: & nbsp; {User}, & nbsp; {tuan}, dan untuk elemen dari timestamp dari objek output, {tahun}, & nbsp; {bulan}, & nbsp; {hari}, & nbsp; {jam, & nbsp; {menit}, & nbsp; . {kedua} & nbsp;
• Placeholders dalam nama keluaran ekspor yang sebelumnya tersedia hanya sebagai angka sekarang dapat ditentukan dengan menggunakan nama-nama yang ditulis: {masukan} adalah sinonim untuk {1}, {ekstensi} adalah sinonim untuk {2} dan {meja} adalah sinonim untuk {3}.

Apa yang baru di versi 7.7.1:

• Memperbaiki masalah yang muncul ketika menjalankan alur kerja dengan beberapa masukan dalam batch, di mana perubahan pra-didefinisikan, input tetap ditentukan selama proses peluncuran tidak diterapkan.
• Memperbaiki masalah alat Motif Cari salah melaporkan semua akurasi pertandingan baik sebagai 0% atau 100%.
• Memperbaiki masalah menyortir folder sambil menyimpan ke dalamnya bisa memicu kesalahan.
• Fixed bug dalam dialog modus batch yang akan mengakibatkan kesalahan ketika masalah yang berhubungan dengan mendasari file atau data lokasi yang ditemui.

Apa yang baru di versi 7.7:

Impor Metadata - dasar dan mudah metadata impor. Alat ini melengkapi alat yang tersedia di Metadata Tabel Editor.

Apa yang baru di versi 7.6.4:

• Fixed bug ketika Cari urutan di alat NCB akan gagal untuk men-download urutan nukleotida dengan pesan error "The urutan berikut tidak di-download dengan benar.
• Tetap masalah dengan BLAST di NCBI langkah Buat Protein Laporan alat.
• Memperbaiki masalah yang menyebabkan kesalahan selama ekspor VCF mana data yang terlibat semula diimpor dari file VCF dan nilai-nilai di bidang QUAL adalah bilangan bulat & nbsp;.
• Ekspor floating-point (desimal) nomor ke VCF & nbsp; Format sebelumnya bergantung pada lokal yang ditentukan. Ini telah diperbaiki sehingga & nbsp; pemisah desimal & nbsp;. Sekarang selalu merupakan titik
• Ketika melakukan hubungan otomatis metadata, log sekarang menunjukkan baris yang metadata tidak terkait dengan data.
• Fixed bug yang dicegah informasi pengguna metadata untuk diakses dari dalam Workbench tersebut.
• Fixed bug di mana melakukan asosiasi otomatis menggunakan tabel metadata disimpan pada Server CLC akan gagal.
• asosiasi otomatis metadata sekarang menangani asosiasi berdasarkan awalan nama data yang lebih dan tepat yang cocok untuk seluruh data nama.
• Sebuah meja metadata tidak lagi membutuhkan kolom kunci untuk baris yang berhubungan secara manual dengan elemen data.
• Sebuah opsi untuk mengganti peran metadata sebelumnya terlihat di konfigurasi Workflow output telah dihapus.
• Tetap kesalahan terjadi ketika Workbench data Lokasi menunjuk pada sebuah file pada sistem bukan folder. Sekarang akan muncul sebagai tidak tersedia di area Workbench Navigasi.
• tooltips Diaktifkan untuk semua parameter ketika mengkonfigurasi dan menjalankan alur kerja.
• Proses login dari Workbench untuk Server CLC sekarang harus selesai sebelum membuka url clc akan dimulai.
• Perbaiki masalah pada Mac mana Workbench itu tidak diakui sebagai pengendali protokol kustom untuk clc:. // Url
• Terselesaikan pengecualian terjadi langka yang bisa dipicu oleh beralih tampilan editor dengan klik dua kali.

Apa yang baru di versi 7.6.3:

Fitur baru dan perbaikan

• Batching pada elemen yang dipilih sekarang mungkin: dulu dibatasi ke folder yang dipilih
.
• Satu sekarang dapat memilih "EST" sebagai database ketika menggunakan Cari Urutan di alat NCBI.
• The Hierarchical Clustering alat Sampel sekarang dapat dijalankan sebagai bagian dari alur kerja dan di server.
• Peningkatan manajemen memori saat menangani elemen laporan besar.
• Tooltips pada daun pohon filogenetik sekarang menampilkan deskripsi dari urutan terpasang.
• Nomor tidak lagi ditambahkan ke nama-nama unsur Workflow saat membuat salinan dari Workflow menggunakan "Open Copy Workflow".
• Metadata Manajemen. Melacak file input dan mengimpor informasi meta untuk sampel Anda.

Perbaikan bug

• Fixed terjadi masalah langka di mana Workbench akan menampilkan pesan kesalahan ketika menginstal pihak ke-3 plugin yang berlisensi.
• Memperbaiki masalah memilih entri dalam tabel Ledakan hasil bisa menyoroti keselarasan yang salah dalam ledakan Editor jika tabel telah disaring atau disortir.
• Memperbaiki masalah mengklik anotasi dalam editor Desain Primer bisa menimbulkan pesan kesalahan.
• Tetap masalah di mana penjelasan yang membentang ujung urutan melingkar akan salah ditempatkan di Circular Urutan View.
• Fixed bug yang menyebabkan meja kerja untuk membekukan jika urutan tertentu ditampilkan dalam tampilan melingkar dengan render radial dari label.
• Tetap diekspor laporan memiliki penulis yang salah dalam situasi tertentu.
• Memperbaiki masalah dimana Buat Box Plot dan Principal Component Analysis bisa kadang-kadang dijalankan dengan argumen ilegal, yang mengarah ke pesan kesalahan.
• Output dari alat Reverse Pelengkap Urutan sekarang mendapat akhiran rc melekat pada nama input bukan -1 sebelumnya.
• Fixed bug dalam Memprediksi alat Struktur Sekunder ketika opsi untuk menghitung fungsi partisi dipilih untuk molekul yang panjang (& gt; 1000 nukleotida).
• Tetap masalah di mana seseorang tidak bisa memperbesar setelah diperbesar keluar alur kerja penuh pada sangat besar.
• Memperbaiki masalah yang mencegah root folder pada Windows drive dari yang digunakan sebagai Berkas Lokasi.
• Memperbaiki masalah memperbarui instalasi yang sudah ada pada Windows akan menghasilkan file .vmoptions tidak dihapus, yang membuat Workbench dijalankan dengan konfigurasi default Java.

Apa yang baru di versi 7.6.2:

• Ditambahkan bekerja di sekitar untuk masalah java yang kadang-kadang mengakibatkan Workbench yang menampilkan kesalahan tidak informatif dan membutuhkan restart untuk terus bekerja.
• Tetap masalah dengan menjalankan BLAST di NCBI mana kesalahan NCBI-dihasilkan sekitar batas penggunaan CPU mereka yang melebihi tidak dilaporkan secara transparan dan hasil dari "tidak ada hits" sedang dilaporkan sebagai gantinya.
• Sebuah memperbaiki diterapkan untuk menghindari pengecualian dalam keadaan ketika pembersihan dari file yang didownload dari BLAST gagal.
• The Reverse alat diabaikan kode genetik ditentukan dalam tabel frekuensi kodon. Semua terjemahan terbalik sehingga akan default ke kode genetik standar.
• Saat memasang alur kerja dengan data paket, itu tidak mungkin lagi untuk memilih folder read-only untuk menyimpan data.
• display yang salah tetap dari "format yang didukung" ketika mengekspor elemen baik dari Editor Folder atau Editor Local Search.
• Fix potensi file yang salah yang disimpan saat mengedit file yang ditemukan melalui Editor Local Search.
• Plot dalam laporan sekarang ditampilkan dengan pengaturan panel samping disimpan mereka.
• Perbaikan menyimpan warna garis yang berbeda di plot melalui panel samping.
• opsi panel Side menunjukkan legenda untuk plot dengan lebih dari 10 sampel sekarang diaktifkan.
• Memperbaiki masalah yang menyebabkan kesalahan saat rendering plot untuk data set kosong.
• Memperbaiki masalah di mana "Empty Recycle Bin" pilihan adalah terkadang salah tidak tersedia.

Apa yang baru di versi 7.6.1:

• The eksportir GTF sekarang tersedia untuk Workbench Utama.
• percobaan transcriptomik dan sampel tabel sekarang dapat diurutkan, bahkan dengan sejumlah besar baris.
• Peningkatan Excel, HTML dan tab terbatas ekspor varian (Pilih hanya anotasi / kolom yang Anda butuhkan).

• Tetap kesalahan yang mempengaruhi "Potong Urutan Sebelum / Setelah Selection" tool di editor Cloning.
• Fixed bug di mana kiri-klik dengan cepat diikuti oleh klik kanan ditafsirkan sebagai double-klik pada OS X (dalam daftar hasil pencarian ketekunan, di pohon toolbox, dan dalam editor alur kerja).

Apa yang baru di versi 7.6:

• Trek:
  • keluaran Konsisten ketika memperkaya trek varian dan lagu penjelasan dengan tambahan kolom tabel. Output lagu dari alat ini sekarang memiliki jumlah yang sama menambahkan kolom tabel dan kolom akan selalu berada di urutan yang sama. Sebelumnya, jika kolom ditambahkan memiliki nilai kosong untuk semua baris varian, itu akan dihapus dari meja final, sehingga dalam berbagai jumlah dan urutan relatif kolom tambahan ketika beberapa sampel diproses dengan alat yang sama / alur kerja. Semua kolom dipertahankan sekarang, memfasilitasi pengolahan hilir tabel diekspor, dan menyediakan referensi visual langsung untuk yang alat pengayaan / anotasi telah diterapkan, bahkan jika mereka tidak menghasilkan apa-apa untuk sampel tertentu.
  • Tables untuk trek varian dan trek penjelasan sekarang dapat mengurutkan dan menyaring kolom dengan sel yang mengandung beberapa nomor.
  • Peningkatan penampil jalur untuk varian trek untuk menunjukkan urutan perubahan pada varian diberikan.
  • trek Grafik sekarang menunjukkan nilai negatif diisi ke atas untuk y = 0 (seperti yang diharapkan).
  • Peningkatan desimal untuk nomor ketika mengekspor meja ke CSV, tab delimited text, dan Excel.
  • Peningkatan pelaporan kesalahan yang berhubungan dengan ruang disk yang rendah.
  
  

Apa yang baru di versi 7.5.1:

• Sekarang mungkin untuk menjalankan alur kerja tanpa masukan opsional.
• Alat AAC tidak membubuhi keterangan varian di 3 'UTR dengan perubahan DNA-tingkat menggunakan format HGVs c.xxx. Hal ini mempengaruhi setiap analisis dilakukan dengan Gx 7.5 atau sebelumnya berdasarkan CDS ENSEMBL lagu dari versons tua. Analisis AAC harus diulang menggunakan Gx 7.5.1 untuk penjelasan yang benar.
• Pfam filtering bug tetap. Sebelumnya, Pfam hanya melaporkan domain pertama dari setiap jenis di query dan sebagai konsekuensi banyak domain yang tidak terjawab. Kami menyarankan agar pengguna yang penelitiannya tergantung pada penjelasan Pfam kembali menjalankan tool pada data mereka.
• Fixed bug di alat 'Maximum Likelihood Filogeni' yang gagal saat membuat nilai bootstrap untuk keberpihakan masukan tertentu.
• Tetap masalah dengan menggulir ke file yang relevan ketika memilih objek sebagai parameter dalam penyihir alat.
• Hasil Ledakan teks telah diperbaiki sehingga mereka menunjukkan permintaan yang benar dan posisi subjek terlepas dari untai.
• Tetap masalah yang mencegah operasi BLAST ketika memilih untuk menjalankan ini pada Server CLC.
• Sekarang mungkin untuk menjalankan alur kerja tanpa masukan opsional.