FlexS memprediksi konformasi dan orientasi salah satu ligan relatif terhadap yang lain. Di FlexS referensi-ligan dianggap kaku, oleh karena itu harus diberikan dalam konformasi yang mirip dengan keadaan terikat. Algoritma superposisi di FlexS memerlukan intervensi manual hanya sedikit. Anda dapat mengintegrasikan pengetahuan ini ke dalam perhitungan dengan FlexS dengan melakukan langkah-langkah tunggal secara manual. Dengan demikian, FlexS dirancang untuk bekerja interaktif pada pasangan ligan serta berbasis ligan skrining virtual. Dua aplikasi utama FlexS super posisi ligan (misalnya. Untuk CoMFA / QSAR) dan skrining virtual. Jika Anda memiliki protein dan molekul kecil yang mengikat untuk itu (disebut referensi-ligand) tapi tidak ada struktur protein, Anda dapat mengambil struktur referensi sebagai sidik jari negatif dari situs aktif. FlexS menentukan kesamaan antara tes dan struktur referensi dengan menyelaraskan mereka. Dalam skrining virtual, Anda memiliki referensi-ligan dan satu set senyawa dan Anda tertarik untuk memprioritaskan senyawa untuk pengujian eksperimental.
Komentar tidak ditemukan