Jmol

Jmol adalah open source, cross-platform, dan perangkat lunak grafis gratis yang awalnya dirancang untuk bertindak sebagai penampil molekuler untuk struktur kimia 3D. Ini berjalan dalam empat mode mandiri, sebagai aplikasi web HTML5, program Java, applet Java, dan komponen sisi server "tanpa kepala".

Fitur utama termasuk dukungan rendering 3D berkinerja tinggi tanpa memerlukan perangkat keras kelas atas apa pun, mengekspor file ke format JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ dan POV-Ray, mendukung unit-unit dasar, mendukung RasMol dan Chime bahasa scripting, serta pustaka JavaScript.

Selain itu, perangkat lunak ini mendukung animasi, permukaan, getaran, orbital, pengukuran, simetri dan operasi sel satuan, dan bentuk skematik.

Saat ini, aplikasi ini mendukung berbagai format file, di antaranya kita dapat menyebutkan MOL MDL, MDL V3000, MDL SDF, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, vib XYZ +, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO, dan MOPAC.

Selain itu, CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR dan JME juga didukung .

Mendukung semua browser web utama

Perangkat lunak ini telah berhasil diuji dengan semua browser web utama, termasuk Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera, dan Safari. Aplikasi browser yang disebutkan sebelumnya telah diuji pada semua sistem operasi utama (lihat bagian selanjutnya untuk mendukung OSes).

Ditulis dalam bahasa pemrograman Java, Jmol adalah aplikasi platform-independen yang dirancang untuk mendukung semua distribusi GNU / Linux, sistem operasi Microsoft Windows dan Mac OS X, dan OS lain di mana Java Runtime Environment diinstal. / p>

Apa yang baru dalam rilis ini:

• perbaikan bug: Jmol SMILES tidak mengizinkan pencarian kode penyisipan - tambah & quot; ^ & quot; untuk kode penyisipan: [G # 129 ^ A. *]

Apa yang baru dalam versi:

• perbaikan bug: Jmol SMILES tidak membolehkan pencarian kode penyisipan - - tambahkan & quot; ^ & quot; untuk kode penyisipan: [G # 129 ^ A. *]

Apa yang baru di versi 14.20.3:

• perbaikan bug: Jmol SMILES tidak mengizinkan penyisipan- pencarian kode - tambah & quot; ^ & quot; untuk kode penyisipan: [G # 129 ^ A. *]

Apa yang baru di versi 14.6.5:

• perbaikan bug: Jmol SMILES tidak mengizinkan pencarian kode penyisipan - tambah & quot; ^ & quot; untuk kode penyisipan: [G # 129 ^ A. *]

Apa yang baru di versi 14.6.1:

• perbaikan bug: Jmol SMILES tidak mengizinkan penyisipan- pencarian kode - tambah & quot; ^ & quot; untuk kode penyisipan: [G # 129 ^ A. *]

Apa yang baru di versi 14.4.4 Build 2016.04.22:

• perbaikan bug: anotasi set atom tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.4.4 Build 2016.04.14:

• perbaikan bug: anotasi set atom tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.4.4 Build 2016.03.31:

• perbaikan bug: anotasi set atom tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.4.3 Build 2016.03.02:

• perbaikan bug: set atom anotasi tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.4.3 Build 2016.02.28:

• perbaikan bug: anotasi set atom tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.4.2 Build 2016.02.05:

• perbaikan bug: anotasi set atom tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.4.0 Build 2015.12.02:

• perbaikan bug: anotasi set atom tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.2.15:

• perbaikan bug: set atom anotasi tidak disesuaikan untuk menambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.2.13:

• perbaikan bug: set atom anotasi tidak disesuaikan untuk ditambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.2.12:

• perbaikan bug: set atom anotasi tidak disesuaikan untuk ditambahkan hidrogen
• perbaikan bug: 14.3.3_2014.08.02 memecahkan pembaca mmCIF
• perbaikan bug: BinaryDocument (file Spartan) membaca rusak di 14.1.12_2014.03.18

Apa yang baru di versi 14.1.8 Beta:

• fitur baru - atur cartoonRibose:
• menggambar dalam cincin ribosa, dengan aspek yang menunjukkan kerutan
• terhubung melalui C4'-C5'-O5'-P secara eksplisit
• menunjukkan C3'-O3 'sebagai referensi.
• menonaktifkan cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• dinonaktifkan oleh SET cartoonBaseEdges ON
• disarankan oleh Rick Spinney, Ohio State
• fitur baru: bingkai anim [a, b, c, d] berfungsi dengan angka negatif untuk menunjukkan rentang:
• anim frame [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• baca sebagai & quot; 1 hingga 5, lalu 10 hingga 6 & quot;
• fitur baru: Tinker file reader (dan upgrade pembaca FoldXYZ):
• Dapat menggunakan Tinker :: tetapi ini hanya diperlukan jika baris pertama HANYA merupakan atomCount
• mengakomodasi format Tinker yang lebih tua dengan atom n-1 untuk atomCount
• memungkinkan untuk lintasan dan nomor model yang diinginkan
• fitur baru: (sebenarnya 13.1 tetapi tidak berdokumen) frame animasi [51 50 49 48 47 46 45 (dll) 27 1 2 3 4 5 6 7 (dll) ....]
• fitur baru: x = membandingkan ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
• fitur baru: x = membandingkan ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; all & quot;)
• fitur baru: x = membandingkan ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; terbaik & quot;)
• fitur baru: x = membandingkan ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H & quot;)
• fitur baru: x = membandingkan ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
• fitur baru - x = membandingkan ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
• menghasilkan satu atau lebih daftar korelasi berdasarkan pada SMILES non-aromatik
• secara opsional termasuk atom H
• secara opsional menghasilkan semua kemungkinan pemetaan atom
• mengembalikan int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• di mana an dan bn adalah indeks atom integer atau daftar ketika & quot; semua & quot; opsi dipilih.
• yang berikut ini akan menghasilkan satu peta korelasi atom untuk dua struktur termasuk atom hidrogen: file beban & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = membandingkan ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; & quot; H & quot;)
• yang berikut membandingkan model kafein dari NCI dengan yang dari PubChem:
• memuat $ kafein; memuat beban: kafein; bingkai *
• pilih 2.1; label% [atomIndex]
• bandingkan {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x = membandingkan ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; & quot; bestH & quot;)
• untuk (a di x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; pilih atomindex = a1; label @ a2}
• fitur baru: bandingkan {model1} {model2} SMILES:
• tidak perlu memberi SMILES; Jmol dapat membuatnya dari {model1}
• fitur baru: x = {*}. temukan (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
• menghasilkan SMILES dengan atom H eksplisit
• perbaikan bug: substruktur () berfungsi menggunakan SMILES alih-alih SMARTS, jadi hanya struktur penuh;
• perbaikan bug: perangkap kesalahan dan pesan yang lebih baik dalam metode yang terkait dengan SMILES
• perbaikan bug: buat pencarian jalur webexport ke Jmol.jar dan jsmol.zip lebih canggih.
• perbaikan bug: getProperty extractModel tidak menghormati subset
• perbaikan bug: set pdbGetHeader TRUE tidak menangkap REMARK3 REMARK290 REMARK350
• perbaikan bug: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) harus membungkus nilai dalam {value: ...}
• perbaikan bug: Ketidakstabilan yang persisten rusak pada 11.x
• perbaikan bug: tampilkan MENU tulis MENU muat MENU semua yang rusak dalam 12,2
• perbaikan bug: {*} [n] harus kosong jika nAtoms

Apa yang baru di versi 14.0.7:

• Perbaikan bug: 14.0.6 fatal disalah - unitcell dan echo rendering, getProperty

Apa yang baru di versi 14.0.5:

• Perbaikan bug: tembus LCAOCartoon rusak
• Perbaikan bug: tulang punggung tembus pandang rusak
• Perbaikan bug: pqr, p2n pembaca rusak
• Perbaikan bug: properti peta isosurface xxx dapat gagal jika permukaan adalah fragmen yang (entah bagaimana) memiliki titik yang tidak terkait dengan atom yang mendasari.

Apa yang baru di versi 14.1.5 Beta:

• perbaikan bug: tembus LCAOCartoon rusak
• perbaikan bug: tulang punggung tembus pandang rusak
• perbaikan bug: pqr, p2n pembaca rusak
• perbaikan bug: properti peta isosurface xxx dapat gagal jika permukaan adalah fragmen yang (entah bagaimana) memiliki titik yang tidak terkait dengan atom yang mendasari.

Apa yang baru di versi 14.0.4:

• Perbaikan bug: roket rusak
• Perbaikan bug: PDB olehChain, bySymop tidak didukung.

Apa yang baru di versi 14.0.2:

• perbaikan bug: modulasi tidak membedakan antara q dan t;
• perbaikan bug: pengukuran termodulasi tidak berfungsi
• perbaikan bug: tidak melewatkan set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• perbaikan bug: peta orbital atom orbital gagal
• perbaikan bug: tampilan vibrasi modulasi dengan jarak tidak diperbarui
• perbaikan bug: getar menyebabkan peringatan yang tidak perlu di konsol
• perbaikan bug: draw symop broken
• perbaikan bug: array.mul (matrix3f) menabrak Jmol
• perbaikan bug: pilih simpop = 1555 rusak
• perbaikan bug: mengatur pemetikan dragSelected not working

Kode
• : CifReader refactored, memisahkan kode MMCifReader dan MSCifReader: penggantian nama / refactoring metode dalam SV kecil
• code: menambahkan antarmuka javajs.api.JSONEncodable
• penerapan super-sederhana di org.jmol.script.SV
• memungkinkan penerapan javajs untuk memberikan hasil JSON khusus

Apa yang baru di versi 14.1.2 Beta:

• fitur baru: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, ekspresi):
• lebih baik daripada Jmol.evaluate karena hasilnya adalah variabel JavaScript, bukan string.
• MENGHAPUS JSmol api Jmol.evaluate (applet, ekspresi)
• fitur baru: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• mengembalikan kode JSON untuk properti
• memungkinkan JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot;, & quot; beberapa ekspresi & quot;)
• fitur baru: getProperty variableInfo:
• memungkinkan pengambilan variabel dalam format Java atau JSON
• mengevaluasi ekspresi
• secara default ke & quot; semua & quot;
• fitur baru: modulasi disesuaikan oleh q dan t, hingga d = 3:
• modulasi on / off (semua atom)
• moduation {atom set} on / off
• modulasi int q-offset
• modulasi x.x t-offset
• modulasi {t1 t2 t3}
• modulasi {q1 q2 q3} BENAR
• fitur baru: selectedList:
• memesan array atom yang baru saja dipilih
• dapat digunakan sama dengan variabel PICKED, tetapi itu diurutkan secara berurutan, bukan untuk sementara
• dua kali mengklik struktur membersihkan daftar
• @ {pickList} [0] atom yang terakhir dipilih
• @ {pickList} [- 1] atom yang dipilih untuk yang terakhir kali dipilih
• @ {pickedList} [- 1] [0] dua terakhir mengambil atom
• fitur baru: array.pop (), array.push () - mirip dengan JavaScript
• fitur baru: skala modulasi x.x
• fitur baru: teks & quot; xxxxx & quot; x.x - jumlah detik untuk menjalankan
• fitur baru: modulasi 0.2 // setel nilai-t
• fitur baru: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; testing & quot;); cetak a.pop ()
• fitur baru: pilih ON / OFF atom-set:
• mengaktifkan atau menonaktifkan lingkaran pilihan serta melakukan pemilihan
• hanya kenyamanan
• fitur baru: pt1.mul3 (pt2):
• mengembalikan {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• jika keduanya bukan poin, kembali ke perkalian sederhana
• reature baru: array.mul3 (pt2) - menerapkan mul3 ke semua elemen array
• fitur baru: {atomset} .modulation (tipe, t):
• memberikan P3 (modulasi perpindahan)
• diimplementasikan hanya untuk type = & quot; D & quot; (opsional)
• t opsional adalah 0 secara default
• perbaikan bug: modulasi tidak membedakan antara q dan t;
• perbaikan bug: pengukuran termodulasi tidak berfungsi
• perbaikan bug: tidak melewatkan set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• perbaikan bug: peta isosurface orbital atom gagal
• perbaikan bug: tampilan vibrasi modulasi dengan jarak tidak diperbarui
• perbaikan bug: getar menyebabkan peringatan yang tidak perlu di konsol
• perbaikan bug: draw symop broken
• perbaikan bug: array.mul (matrix3f) menabrak Jmol
• perbaikan bug: pilih symop = 1555 perbaikan bug rusak: atur pemetikan dragSelected not working

Kode
• : CifReader direproduksi, memisahkan MMCifReader dan MSCifReader

Kode
• : penggantian nama kecil / refactoring metode dalam SV
• kode: menambahkan antarmuka javajs.api.JSONEncodable:
• penerapan super-sederhana di org.jmol.script.SV
• memungkinkan penerapan javajs untuk memberikan hasil JSON khusus

Apa yang baru di versi 14.0.1:

• fitur baru: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (default 55)
• fitur baru: fungsi load (), seperti dalam beban cetak (& quot; xxx & quot;), pembacaan file lokal terbatas di applet:
• tidak ada file direktori-root
• tidak ada file tanpa ekstensi
• tidak ada file dengan & quot; /.& quot; di jalur
• fitur baru: File JAR telah ditandatangani dengan aman
• fitur baru: file JAR applet termasuk JNLPs (Java Network Launch Protocols) untuk memuat file lokal
• fitur baru: Opsi URL JSmol _USE = _JAR = _J2S = menimpa untuk data Info
• fitur baru: (hadir tetapi tidak terdokumentasi) mencetak quaternion ([array quaternions]) - mengembalikan makna bola a la Buss dan Fillmore
• fitur baru: print quaternion ([array quaternions], true):
• mengembalikan standar deviasi untuk mean bola a la Buss dan Fillmore
• unit adalah derajat sudut
• fitur baru - bernama nilai modulus quaternion:
• quaternion cetak (1,0,0,0)% & quot; matriks & quot;

Pilihan
• termasuk w x y z normal eulerzxz eulerzyz vektor theta axisx axis axisz axisangle matrix
• fitur baru - tetapkan celShadingPower:
• menetapkan kekuatan cel bayangan
• nilai integer
• default 10 adalah garis tebal
• 5 adalah garis tipis
• 0 berubah menjadi bayangan
• nilai negatif menghapus bayangan interior - hanya garis besar
• beroperasi pada piksel berdasarkan sumber normal ke cahaya (daya & gt; 0) atau pengguna (daya & lt; 0)
• mengatur warna ke kontras latar belakang (hitam atau putih) ketika normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• fitur baru: mmCIF membaca laporan _citation.title di konsol skrip Jmol
• fitur baru: minimalkan SELECT {atomset} HANYA - HANYA opsi tidak termasuk semua atom lain
• fitur baru: minimalkan {atomset} - SELECT implisit dan HANYA
• fitur baru - & quot; ekstensi & quot; direktori di JSmol untuk skrip JS dan SPT kontribusi:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• fitur baru: memuat ... memfilter & quot; ADDHYDROGENS & quot; - set pdbAddHydrogens lokal hanya untuk satu perintah beban
• fitur baru: bandingkan {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• fitur baru: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
• fitur baru: tulis JSON xxx.json
• fitur baru: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} pembaca
• ew feature - set particleRadius:
• radius global untuk atom di atas nilai radius maksimal (16.0)
• default ke 20.0
• fitur baru - filter CIF dan PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; dan & quot; BYSYMOP & quot; untuk partikel virus:
• hanya menciptakan satu atom per rantai atau per simpop

Ukuran
• dapat diskalakan lebih besar daripada maksimal 16 Angstrom yang menggunakan, misalnya:
• tetapkan partikelRadius 30;
• spacefill 30; // angka apa pun yang lebih dari 16 di sini menggunakan particleRadius sebagai gantinya
• fitur baru: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• fitur baru: symop () fungsi memungkinkan simetri dari filter biomolekul untuk PDB dan mmCIF
• fitur baru - isosurface SYMMETRY:
• menerapkan operator simetri ke isosurface
• perenderan dan kreasi yang lebih efisien

Pilihan default
• adalah {symop = 1} saja
• pewarnaan default adalah mewarnai dengan symop berdasarkan propertyColorScheme
• contoh:
• muat filter 1p & quot; biomolekul 1 & quot;
• symop properti berwarna
• isosurface sa resolusi 0.8 simetri sasurface 0
• fitur baru - properti atom baru: chainNo:
• secara berurutan dari 1 untuk setiap model;
• chainNo == 0 berarti & quot; tidak ada rantai & quot; atau rantai = ''
• fitur baru - properti baruColorScheme & quot; friendly & quot;:
• skema warna buta warna-ramah
• digunakan di RCSD
• fitur baru: JSpecView sepenuhnya bebas Java; termasuk 2D nmr dan pencetakan PDF dari spektrum
• fitur baru - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; kualitas & gt; 1 permintaan mode lanskap:
• menggunakan kelas pembuatan PDF kustom yang efisien
• ukuran gambar agar pas jika terlalu besar
• fitur baru: JSpecView menambahkan PDF dan 2D NMR untuk JavaScript
• fitur baru: memuat & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - Beban komponen kimia dari PDB menggunakan & quot; nonideal & quot; mengatur koordinat
• perbaikan bug: tulis CD dihapus; ChemDoodle telah mengubah format; gunakan JSON sebagai gantinya
• perbaikan bug: PDB dan file CIF menunjukkan rakitan seperti PAU sebagai angka negatif besar
• perbaikan bug: PERBANDINGAN tanpa rotasi memulai putaran tak terbatas
• perbaikan bug: masalah perulangan dengan penundaan (-1)
• perbaikan bug: Mouse beroda untuk Chrome di JavaScript
• perbaikan bug: Menu popup JavaScript memperbaiki perubahan bahasa
• perbaikan bug: komponen inti JavaScript tidak diproses; Jmol._debugCode tidak dikenal
• perbaikan bug: offset unitcell salah untuk biomolekul; asal salah untuk sumbu.
• perbaikan bug: isosurface / mo FRONTONLY rusak
• perbaikan bug: lokalisasi bahasa rusak dalam JavaScript
• perbaikan bug: ADF reader tidak membaca output MO dari DIRAC Build 201304052106
• perbaikan bug: Safari melaporkan informasi Jmol kuning alih-alih meminta untuk menerima applet
• - tag harus
• perbaikan bug: CIF reader tidak menangani _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id dengan benar
• - set atom salah untuk load = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
• perbaikan bug: [# 558 Masalah kompatibilitas dengan ChemDoodle] Kesalahan JSmol dalam definisi Number.toString ()
• perbaikan bug: roda mouse tidak berfungsi dengan baik
• perbaikan bug: JavaScript Kesalahan kompiler J2S tidak memaksa int + = mengambang ke bilangan bulat
• perbaikan bug: opsi WEBGL JavaScript rusak
• perbaikan bug: JavaScript NMRCalculation tidak mengakses sumber daya
• perbaikan bug: JavaScript stereo tidak diimplementasikan
• perbaikan bug: MOL reader fix untuk file multi-model (hanya 13.3.9_dev)
• perbaikan bug: MOL reader error dengan beban APPEND - tidak melanjutkan nomor atom
• perbaikan bug: Pembaca modulasi CIF tidak membaca kombinasi linear vektor gelombang sel
• perbaikan bug: CIF membaca dengan filter & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; gagal jika hanya operasi identitas
• perbaikan bug: pembaca mmCIF tidak membaca semua opsi _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• perbaikan bug: entri PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 harus berarti & quot; tidak ada sel satuan & quot; terlepas dari filter biomolekul
• perbaikan bug: slab isosurface tidak beradaptasi dengan baik untuk molekul datar seperti HEM
• perbaikan bug: mencetak userfunc () mungkin gagal (userfunc () dengan sendirinya baik-baik saja)
• perbaikan bug: dalam (helix) tidak diimplementasikan untuk polimer C-alpha-only
• perbaikan bug: _modelTitle tidak diperbarui ketika file baru dimuat atau disadap
• perbaikan bug: {*}. symop.semua tidak memberikan operator simetri secara tepat
• perbaikan bug: untuk ikatan rangkap tiga dalam SMILES di URL
• perbaikan bug: build.xml tidak ada kelas pembuatan PDF
• perbaikan bug: mengikuti pembaruan Java, menambahkan pemeriksaan jalur yang tepat untuk applet yang ditandatangani lokal
• perbaikan bug: {xxx} .property_xx tidak disimpan dalam keadaan (rusak 8/7/2013 rev 18518)
• perbaikan bug: Manifes diperbarui untuk file JAR applet yang ditandatangani dan belum ditandatangani
• perbaikan bug: tulis gagal
• perbaikan bug: metode applet scriptWait () rusak
• perbaikan bug: Sesi PyMOL dapat menampilkan sel unit setelah dibaca dari keadaan tersimpan
• perbaikan bug: Pembaca MMCIF gagal untuk beberapa jenis perakitan
• perbaikan bug: CIF reader & quot; biomolecule 1 & quot; diterjemahkan ke & quot; molekuler & quot; alih-alih & quot; perakitan & quot;
• perbaikan bug: memuat lintasan dengan beberapa file tidak berfungsi
• perbaikan bug: Menu popup JSet tidak menutup dengan benar pada perubahan bahasa
• perbaikan bug: Atribut kotak centang HTML tidak ditetapkan
• kode: refactoring kode applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• kode: refactoring, penyederhanaan pembaca yang di-buffer dan aliran input yang disangga.

Kode
• : Refactoring JavaScript, build yang lebih baik _... xml

Kode
• : Integer JavaScript, Panjang, Pendek, Byte, Float, Gandakan semua dikerjakan ulang
• code: disambiguasi dari GT ._

Kode
• : Memulihkan semua kelas internal yang tidak perlu ke tingkat atas
• code: util terisolasi / ModulationSet menggunakan api / JmolModulationSet
• kode - Semua pelokalan bahasa applet baca dari file .po biasa:
• sebagaimana JavaScript sudah
• tidak perlu mengompilasi file kelas untuk bahasa applet
• tidak ada file .jar bahasa
• direktori jsmol / idioma baru menyimpan file .po untuk Java dan HTML5
• kode: rujukan isosurface lebih cepat menambahkan implisit & quot; frontonly & quot; dengan memilih {xxx} HANYA
• kode: render isosurface lebih cepat dengan implisit & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; dalam kasus (bilangan bulat) yang relevan
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - menggabungkan semua referensi ke URL.getContent () dan Class.getResource ()
• code: JavaScript bekerja untuk masalah kelas batin dengan penugasan nama variabel
• code: work-around untuk eval (functionName) tidak berfungsi di JavaScript.
• kode: bereksperimen dengan oklusi ambient
• kode: Wujud yang diperlukan ditambahkan untuk Java Ju51 (Januari, 2014).
• code: JmolOutputChannel dipindahkan ke javajs.util.OutputChannel
• kode: jsmol.php diperbaiki untuk mengizinkan & quot; dalam metode saveFile
• kode: refactoring Parser ke javajs.util
• kode: DSSP pindah ke org.jmol.dssx, mengurangi beban bio JSmol sebesar 20K
• kode: Paket iText dibuang, tidak lagi nec, karena saya menulis pembuat PDF saya sendiri

Persyaratan :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment