tapir

tapir adalah alat Python yang berisi program untuk memperkirakan dan merencanakan informativeness filogenetik untuk dataset besar.
Mengutip tapir
Bila menggunakan tapir, silakan mengutip:
- Faircloth SM, Chang J, Alfaro ME: tapir memungkinkan analisis throughput tinggi dari informativeness filogenetik.
- Townsend JP: Profiling informativeness filogenetik. Biol sistematis. 2007, 56: 222-231.
- Tambak SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: pengujian hipotesis menggunakan filogeni. Bioinformatika 2005 21: 676-679.
Instalasi
Untuk saat ini, cara termudah untuk menginstal program ini adalah:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / ke / tapir
Untuk menjalankan tes:
cd / path / ke / tapir /
uji python / test_townsend_code.py
Gunakan
Kode estimate_p_i.py menyebut batch file untuk hyphy yang ada di template /. File ini harus dalam posisi yang relatif sama ke mana pun Anda menempatkan estimate_p_i.py. Jika Anda menginstal menipis seperti di atas, Anda akan baik-baik, untuk saat ini.
Untuk berlari:
cd / path / ke / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - zaman = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kali = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing adalah opsional, tanpa itu, masing-masing lokus akan dijalankan secara berurutan.
Jika Anda telah menjalankan hasil di atas dan disimpan ke folder output (lihat di bawah), Anda dapat menggunakan catatan situs-tingkat yang sudah ada daripada memperkirakan mereka lagi dengan:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - zaman = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kali = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - Situs-tarif
Hasil
tapir menulis hasil ke database sqlite di direktori keluaran yang Anda pilih. Direktori ini juga memegang file tingkat situs dalam format JSON untuk setiap lokus melewati tapir_compute.py.
Anda dapat mengakses hasil dalam database sebagai berikut. Untuk contoh, termasuk merencanakan, lihat dokumentasi
- Engkol sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetik-informativeness.sqlite
- Mendapatkan data terpadu untuk semua zaman:
& Nbsp; pilih lokus, selang, pi dari lokus, selang mana loci.id = interval.id
- Mendapatkan data yang tidak terpisahkan untuk zaman tertentu:
& Nbsp; pilih lokus, selang, pi dari lokus, Interval
& Nbsp; di mana selang = '95 -105 dan loci.id = interval.id;
- Mendapatkan hitungan lokus memiliki max (PI) di zaman yang berbeda:
& Nbsp; membuat max tabel sementara sebagai pilih id, max (pi) sebagai max dari grup interval dengan id;
& Nbsp; membuat t tabel sementara sebagai pilih interval.id, selang, max dari interval max
& Nbsp; di mana interval.pi = max.max;
& Nbsp; memilih interval, count (*) dari t kelompok dengan interval waktu;
Ucapan Terima Kasih
Kami berterima kasih Francesc Lopez-Giraldez dan Jeffrey Townsend untuk menyediakan kami dengan salinan kode sumber web-aplikasi mereka. . BCF berkat S Hubbell dan P Gowaty

Persyaratan :

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (silahkan download atau membangun hyphy2 single-threaded)