tapir

Software screenshot:
tapir
Rincian Software:
Versi: 1.0
Tanggal Upload: 11 May 15
Lisensi: Gratis
Popularitas: 49

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

tapir adalah alat Python yang berisi program untuk memperkirakan dan merencanakan informativeness filogenetik untuk dataset besar.
Mengutip tapir
Bila menggunakan tapir, silakan mengutip:
- Faircloth SM, Chang J, Alfaro ME: tapir memungkinkan analisis throughput tinggi dari informativeness filogenetik.
- Townsend JP: Profiling informativeness filogenetik. Biol sistematis. 2007, 56: 222-231.
- Tambak SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: pengujian hipotesis menggunakan filogeni. Bioinformatika 2005 21: 676-679.
Instalasi
Untuk saat ini, cara termudah untuk menginstal program ini adalah:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / ke / tapir
Untuk menjalankan tes:
cd / path / ke / tapir /
uji python / test_townsend_code.py
Gunakan
Kode estimate_p_i.py menyebut batch file untuk hyphy yang ada di template /. File ini harus dalam posisi yang relatif sama ke mana pun Anda menempatkan estimate_p_i.py. Jika Anda menginstal menipis seperti di atas, Anda akan baik-baik, untuk saat ini.
Untuk berlari:
cd / path / ke / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - zaman = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kali = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing adalah opsional, tanpa itu, masing-masing lokus akan dijalankan secara berurutan.
Jika Anda telah menjalankan hasil di atas dan disimpan ke folder output (lihat di bawah), Anda dapat menggunakan catatan situs-tingkat yang sudah ada daripada memperkirakan mereka lagi dengan:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - zaman = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - kali = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - Situs-tarif
Hasil
tapir menulis hasil ke database sqlite di direktori keluaran yang Anda pilih. Direktori ini juga memegang file tingkat situs dalam format JSON untuk setiap lokus melewati tapir_compute.py.
Anda dapat mengakses hasil dalam database sebagai berikut. Untuk contoh, termasuk merencanakan, lihat dokumentasi
- Engkol sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetik-informativeness.sqlite
- Mendapatkan data terpadu untuk semua zaman:
& Nbsp; pilih lokus, selang, pi dari lokus, selang mana loci.id = interval.id
- Mendapatkan data yang tidak terpisahkan untuk zaman tertentu:
& Nbsp; pilih lokus, selang, pi dari lokus, Interval
& Nbsp; di mana selang = '95 -105 dan loci.id = interval.id;
- Mendapatkan hitungan lokus memiliki max (PI) di zaman yang berbeda:
& Nbsp; membuat max tabel sementara sebagai pilih id, max (pi) sebagai max dari grup interval dengan id;
& Nbsp; membuat t tabel sementara sebagai pilih interval.id, selang, max dari interval max
& Nbsp; di mana interval.pi = max.max;
& Nbsp; memilih interval, count (*) dari t kelompok dengan interval waktu;
Ucapan Terima Kasih
Kami berterima kasih Francesc Lopez-Giraldez dan Jeffrey Townsend untuk menyediakan kami dengan salinan kode sumber web-aplikasi mereka. . BCF berkat S Hubbell dan P Gowaty

Persyaratan :

  • Python
  • SciPy
  • NumPy
  • DendroPy
  • hyphy2 (silahkan download atau membangun hyphy2 single-threaded)

Software yang serupa

Geant4
Geant4

20 Feb 15

AHREA
AHREA

11 May 15

Seal
Seal

14 Apr 15

Perangkat lunak lain dari pengembang Brant Faircloth, Jonathan Chang and Mi...

picme
picme

11 May 15

Komentar untuk tapir

Komentar tidak ditemukan
Tambahkan komentar
Aktifkan gambar!