edittag

edittag adalah koleksi aplikasi untuk merancang set mengedit tag urutan metrik, memeriksa tag urutan untuk konformasi ke mengedit metrik, dan mengintegrasikan tag urutan ke adapter sequencing-platform tertentu dan PCR primer. edittag berbeda dari pendekatan lain:
& Nbsp; * edittag menghasilkan panjang sewenang-wenang tag urutan mengedit-metrik dalam bingkai waktu yang wajar menggunakan multiprocessing
& Nbsp; * edittag menghasilkan mengedit metrik urutan tag set sesuai dengan mengedit jarak yang dipilih
& Nbsp; * edittag digunakan primer3 untuk mengintegrasikan tag urutan ke PCR primer
Kami menyediakan beberapa set besar mengedit metrik tag urutan dirancang menggunakan edittag dalam format berikut:
& Nbsp; * text - file ini dalam format yang sesuai untuk check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * database sqlite
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Set besar mengedit-metrik identifikasi urutan
tag untuk memfasilitasi skala besar multiplexing dari membaca dari besar-besaran
sequencing paralel. doi_
Instalasi:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
tar xzf package.tar.gz
python setup.py install
gudang
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
paket opsional (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install
paket opsional (primer3)
Jika Anda ingin merancang primer menggabungkan mengedit metrik tag urutan, Anda harus terlebih dahulu menginstal versi modifikasi dari primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
membuat
make install
Pastikan bahwa Anda memindahkan binari dari mod-primer3 ke lokasi di jalan Anda (bergerak setidaknya primer3 panjang dan primer3_config ke direktori yang sama di jalan Anda). Anda kemudian dapat menjalankan

Persyaratan :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3