The Spindel adalah sebuah pendekatan alternatif untuk identifikasi biologis berdasarkan panjang RNA ribosom (rRNA) daerah gen. Secara umum, keberpihakan urutan gen rRNA primer dari spesies yang berbeda menunjukkan bolak daerah konservasi nukleotida dan variasi, baik dari segi substitusi nukleotida (biasa disebut "SNPs") dan penyisipan / penghapusan (INDEL) peristiwa. Kehadiran hasil indels di urutan panjang yang berbeda dan memperkenalkan kesenjangan dalam keselarasan, biasanya dilambangkan dengan sejumput "-".
Konsep kami untuk identifikasi biologis menggunakan urutan gen rRNA sebagai berikut: daerah dilestarikan digunakan untuk mendefinisikan segmen variabel ("spindel daerah hypervariable") di mana kombinasi urutan panjang adalah karakteristik dari masing-masing spesies ("profil spindel"). Dengan demikian, masing-masing spesies dapat didefinisikan oleh profil numerik yang unik.
Secara teori, sebuah survei dari hanya 6 daerah hypervariable dengan 20 alel masing-masing (atau 11 daerah dengan 5 alel masing-masing) cukup untuk membedakan semua spesies eukariotik di Bumi, yang diperkirakan antara 5 dan 15 juta jumlahnya. Dalam prakteknya, spindel mampu membedakan 93,3% dari spesies eukariotik dengan keragaman antar rendah dan resolusi tinggi filogenetik.
Komentar tidak ditemukan