SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter adalah alat Python grafis untuk interaktif segmen tumpukan gambar sel dalam jaringan dengan ujung-label & nbsp (alias garis putih.);. Interaksi seluruhnya didasarkan pada editing benih, yang pada gilirannya diperluas dengan daerah aliran sungai algoritma. Perbedaan utama antara SWS dan alat-alat lain adalah bahwa Anda dapat menempatkan lebih dari satu biji per sel yang dapat membantu Anda mengatur batas-batas sel yang sulit.
SWS dibangun di atas wxPython, matplotlib, numpy, scipy, dan mahotas.
Pada intinya, ia menggunakan algoritma DAS kilat-cepat (berkat proyek mahotas) dan memungkinkan update real-time. Memiliki sederhana (jika berantakan) UI dan sepenuhnya interaktif, bahkan termasuk 1-tingkat undo.
Publikasi tentang SWS yang memberikan semua rincian ini dan lebih dalam cytometry Bagian A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Source code dicerminkan empat repositori dan PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Halaman Google Code juga memiliki beberapa rilis biner (http://code.google.com/p/seedwater/) yang harus bekerja pada 32-bit Windows atau Linux 64-bit, tapi ini sekarang tua. Silakan gunakan metode "easy_install" sekarang.
Untuk lebih jelasnya, lihat Python Petunjuk Instalasi 20XX.txt Anda juga mungkin ingin membaca manual: SeedWater segmenter V xx Manual.txt
Instalasi dan Menjalankan
Instalasi ini AKHIRNYA mudah!
Bahkan, Anda sekarang dapat "easy_install SeedWaterSegmenter"
Petunjuk cepat:
Windows / Mac:
& Nbsp; Install Enthought Python Distribusi http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-pencitraan python-xlrd python-xlwt
Dalam jendela cmd (harus dijalankan sebagai Administrator di Windows Vista / 7) atau Terminal (Mac / Linux), jalankan:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Petunjuk rinci:
Versi terbaru ini disebut:
"Python Instal Petunjuk 2012.txt Agustus"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Instal Petunjuk 2012.txt Agustus

Persyaratan :

< li> Python