QuasiRecomb

QuasiRecomb adalah aplikasi ringan yang berjalan di konsol perintah, simulasi model Markov untuk menghasilkan quasispecies virus. Ini menggambarkan generasi quasi-spesies virus dan metode untuk menyimpulkan parameter dengan menganalisis data sequencing generasi berikutnya. Model ini divalidasi pada data simulasi, menunjukkan keuntungan secara eksplisit mengambil proses rekombinasi ke rekening, dan diuji dengan menerapkan untuk dibaca diperoleh dari sampel HIV eksperimental. Menawarkan sebuah implementasi dari algoritma EM untuk menemukan perkiraan posteriori maksimum parameter model dan metode untuk memperkirakan distribusi strain virus di quasispecies

Persyaratan :.

Java