Pathomx

Pathomx (sebelumnya MetaPath) adalah sebuah perangkat lunak grafis open source diimplementasikan di IPython, Qt dan PyQt, dirancang dari bawah ke atas untuk bertindak sebagai utilitas interaktif untuk visualisasi dan analisis data metabolik di bawah GNU / Linux dan lainnya POSIX & nbsp; operasi sistem. Pada awalnya dirancang untuk digunakan untuk memproses metabolomik data.Features pada fitur glanceKey termasuk dukungan untuk mengimpor dan mengekspor NMR (Nuclear Magnetic Resonance) data, pengolahan spektrum, termasuk normalisasi, Binning dan keselarasan, serta visualisasi jalur metabolisme dan pertambangan. Anda juga akan dapat mengimpor data genom dan metabolomik melalui berbagai rute untuk visualisasi pada jalur yang ditentukan.
Berbagai penjelasan Database MetaCyc juga termasuk dalam aplikasi Pathomx, di antaranya kita bisa menyebut link database unifikasi, sinonim, serta jalur terkait dan reaksi. Harap dicatat bahwa database MetaCyc berasal dari API publik.
Aplikasi menggunakan database MetaCyc kuat untuk eksplorasi cepat data yang kompleks, berkat extensible dan plugin dikonfigurasi. Selain itu, menggunakan Numpy dan SciPy perpustakaan untuk nomor penanganan, Matplotlib untuk grafik, nmrglue untuk NMR data impor, d3.js untuk grafik interaktif, dan scikit-belajar untuk analisis statistik methods.Under tenda dan didukung OSesLooking bawah kap Pathomx, kita dapat melihat bahwa aplikasi telah dibangun di IPython perintah shell. Ia juga bekerja dengan baik dengan sistem operasi Microsoft Windows dan Mac OS X, untuk yang tersedia untuk di-download sebagai paket binary pre-built. Untuk GNU / Linux, perangkat lunak didistribusikan hanya sebagai sumber arsip gzip yang kompatibel dengan 32-bit dan 64-bit platform hardware.
Bila menggunakan Pathomx, pengguna harus diingat bahwa aplikasi yang menggunakan data dari MetaCyc jalur database itu sendiri, yang merupakan bagian dari keluarga BioCyc. The MetaCyc API digunakan untuk menghasilkan database yang disediakan, yang disimpan secara lokal

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• Sebuah benar-benar baru drag-drop editor visual ditambahkan.
• Hal ini memungkinkan Anda untuk membuat analisis alur kerja dengan menyeret alat ke dalam ruang kerja, mengedit koneksi dengan menyeret garis data antara alat-alat, dan menggunakan pandangan inline untuk mendapatkan gambaran tentang proses saat ini.
• Data dapat jatuh ke dalam ruang kerja untuk impor instan.
• Ini juga menambahkan hidup per-alat kemajuan pemberitahuan, bar, dan indikator status.
• Kesalahan yang ditandai dengan bantuan teks (tooltips pada alat ketika ditunjukkan merah).

Persyaratan :

• Graphviz