NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit menyediakan gratis, portable, perpustakaan domain publik tanpa pembatasan penggunaan. Ia bekerja di Unix, MS Windows, dan Mac OS platform:
ย ท Jaringan dan Komunikasi interprocess (IPC) perpustakaan dengan iostream adapter
ย ท Multithreading Perpustakaan
ย ท CGI dan cepat-CGI Perpustakaan
ย ท Perpustakaan Generation HTML
ย ท SQL Database Access Perpustakaan
ย ท C ++ library wrapper untuk BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adaptor / Wrapper Perpustakaan
ย ท GZIP dan bz2 C ++ Wrapper Perpustakaan dengan iostream adapter
ย ท ASN.1 dan XML serialisasi Perpustakaan dengan C ++ Kode Generator Tool (datatool)
ย ท Tanggal dan Waktu Perpustakaan
ย ท File System Fungsi Perpustakaan
ย ท Argumen Command-Line, Konfigurasi dan Perpustakaan Pengolahan Lingkungan
ย ท Urutan Penyelarasan Algoritma Perpustakaan
ย ท BLAST Mesin Perpustakaan
ย ท Biologi Urutan Retrieval dan Pengolahan Perpustakaan
ย ท FLTK Portable dan GUI berbasis OpenGL dan grafis perpustakaan
Selain di atas, ada banyak seluruh perpustakaan lebih berguna, baik tujuan umum dan-biotek terkait yang terus-menerus dikembangkan, dipelihara dan digunakan dalam produksi kehidupan nyata oleh ratusan web dan aplikasi mandiri dan programer mereka (juga dihitung dalam ratusan).
Jika Anda seorang C ++ pengembang Anda akan menemukan sifat portabel perpustakaan sangat berguna dalam membangun aplikasi cross-platform bahkan jika Anda tidak memiliki banyak minat dalam Bioinformatika. Perpustakaan seperti yang untuk CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, SQL database Access, ASN.1 dan XML serialisasi adalah tujuan yang cukup umum dan dapat digunakan dalam berbagai aplikasi di luar masalah domain Bioinformatika.
C ++ Toolkit mengalami pengembangan aktif dengan perpustakaan yang dibangun setiap malam. Kode sumber tersedia secara bebas melalui FTP dan CVS. Dokumentasi untuk C ++ Toolkit tersedia secara online dalam format NCBI Bookshelf dan juga buku sebagai download dalam format Acrobat PDF

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• UTAMA:
• Ditambahkan LDS2 (Local Penyimpanan Data v.2) yang didasarkan pada SQLite3, memiliki fitur baru dan kinerja yang lebih baik. Juga dilaksanakan LDS2 Data loader untuk menggunakan LDS2 dari Object Manager.
• XmlWrapp -ini nyaman penanganan XML API telah sebagian besar selesai (dan bahkan dipoles).
• Diimplementasikan tunneling dan otorisasi koneksi HTTP dan tunneling soket aman, melalui proxy HTTP.
• CFormatGuess sekarang memungkinkan membedakan antara GTF, GFF3, dan GFF2. Ini adalah perubahan yang mungkin melanggar. Untuk lebih jelasnya lihat di bawah.
• Diimplementasikan bagian utama dari CFeatTree, kelas untuk mengatur fitur didefinisikan pada urutan biologis menjadi sebuah hirarki yang mencerminkan hubungan orangtua-anak mereka (berdasarkan subtipe fitur).
• corelib:
• Diimplementasikan konversi lokal-independen string untuk ganda dan kembali; perpustakaan inti berubah untuk menggunakannya.
• NStr :: Membenarkan () - untuk format paragraf teks
.
• CNcbiApplication - membuat FindProgramExecutablePath statis, dan lebih kuat; menambahkan metode GetAppName-tingkat yang lebih tinggi statis. Mencari file konfigurasi global lebih kasus.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Metode baru mengekspos logika menentukan mana file (jika ada) untuk memuat
• CEnvironmentCleaner -. Kelas baru untuk membuang variabel lingkungan yang tidak diinginkan
• CFileIO - kembali ke perilaku asli:. Tidak menutup menangani file jika itu diberikan melalui SetFileHandle ()
• SERIAL:
• serialisasi objek data AnyContent - tetap untuk mengenali dan proses dengan baik atribut dalam nilai-nilai mereka
.
• Dikoreksi pembacaan data XML untuk menetapkan ke nilai default elemen ketika ia tidak memiliki konten.
• Ditambahkan dukungan untuk urutan elemen, di mana elemen memiliki nilai default.
• DATATOOL:
• Dikoreksi generasi kode:
• objek data PILIHAN;
• tipe data biner dengan atribut
.
• konversi Dikoreksi nilai tipe double untuk melestarikan lebih signifikan digit.
• CONNECT:
• option Ditambahkan keepalive socket (fSOCK_KeepAlive).
• Ditambahkan NCBI konektivitas tes (CConnTest).
• Utilites:
• g_FindDataFile -. Fungsi baru untuk mencari file data di (dikonfigurasi) lokasi standar
• CChecksumStreamWriter -. Kelas baru untuk menghitung checksum data ditulis ke sungai
• g_GZip_ScanForChunks () - API baru, untuk query posisi aliran terkompresi. Ditambahkan implementasi untuk mendapatkan posisi untuk terpisah gzip-file di dalam file gzip bersambung.
• aliran Ditambahkan kompresi / dekompresi manipulator (mencakup / util / kompres / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess {h / c} pp.) Diperbarui, dengan perubahan yang mungkin melanggar. Tujuan dari ini adalah untuk memungkinkan CFormatGuess untuk membedakan antara GTF, GFF3, dan GFF2. Saat ini benjolan semua format tersebut menjadi satu nilai 'eGtf'. Nilai tua 'eGtf' (3) sedang diganti dengan 'eGtf_POISONED', dan tidak akan kembali lagi. Nilai baru untuk 'eGtf' (21) akan berarti file yang harus dibaca dengan CGtfReader (objtools / pembaca / gtf_reader.hpp). Nilai baru 'eGff3' (22) adalah untuk file dimaksudkan untuk dibaca dengan CGff3Reader (objtools / pembaca / gff3_reader.hpp), dan 'eGff2' (24) adalah untuk file dimaksudkan untuk dibaca dengan CGff2Reader (mencakup / objtools / pembaca /gff2_reader.hpp)
• BIO-BENDA:
• CBioseq :: GetNonLocalId - metode baru untuk membantu urutan tempat diimpor dari file FASTA dengan spesifikasi jangkauan lebih konteks; dibungkus oleh CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (juga baru).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Melaksanakan atau meningkatkan pengakuan atas prefiks lebih (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, dan IAA-IZZ, beberapa di antaranya sesuai dengan kemungkinan baru DDBJ TPA Data WGS) dan dicampur-in TPA aksesi protein (sebagian besar dari EMBL, tetapi beberapa dari GenBank juga).
• Membedakan WGS menguasai aksesi oleh bendera bit baru. Relax PDB pengakuan logika over-ketat.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Fungsi baru untuk bekerja dengan pengidentifikasi urutan plain-text, faktor dari CFastaReader dan umum agak
• SSeqIdRange - Jenis Baru (lengkap dengan parser dan on-the-fly & quot; iterator & quot;) untuk bekerja dengan rentang Seq-id, seperti yang hadir dalam beberapa pengubah sumber FASTA defline
.
• BIO-ALAT:
• CFastaOstream - Opsional menerima judul kustom untuk urutan tunggal. Tag rentang negatif-untai dengan 'terkemuka c itu.

.
• CFastaReader - Mendukung rentang negatif-untai dan sintaks kesenjangan kompak defline gaya payet itu (?? & Quot; & gt; N & quot; di mana N adalah nomor; atau & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Ditambahkan baris perintah opsi -num_domain_hits yang membatasi jumlah domain dilestarikan per urutan yang digunakan dalam menghitung kendala keselarasan.
• pohon filogenetik:
• Ditambahkan antarmuka tingkat yang lebih tinggi untuk menghitung pohon filogenetik dari keberpihakan urutan (misalnya BLAST dan hasil COBALT). Kelas CPhyTreeCalc menghitung pohon filogenetik, dan CPhyTreeFormater mencetak pohon di Newick dan Nexus Format.

PERPUSTAKAAN
• BIO-OBJEK:
• CheckNumRows Diimplementasikan () dan metode lain untuk keberpihakan jarang.
• Untuk mengurangi jejak memori: menambahkan read-kait untuk mengurangi memori yang digunakan oleh keberpihakan setelah deserialization; Na-strand sekarang menggunakan satu byte memori jika memungkinkan; Pilihan Score.value kini tertanam di CScore.
• Bermodalkan aksesi di CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-OBYEK MANAGER:
• metode pengambil Ditambahkan untuk bidang boolean di CTableFieldHandle.
• Ditambahkan GetBestGeneForFeat () berdasarkan CFeatTree.
• Diimplementasikan GetBestOverlappingFeat () pada CFeatTree.
• Ditambahkan cepat CScope :: GetTaxid ().
• Diimplementasikan bongkar muat untuk acc / ver, gi, label, dan taxid.
• Ditambahkan nol-panjang kesenjangan memeriksa CSeqMap dan CSeqVector.
• Diimplementasikan getLength () dan GetCoverage () untuk lokasi obligasi.
• Perbaikan:
• Ditambahkan metode pembantu untuk mengisi CFeatTree di lokasi.
• Mempercepat pemetaan lokasi CSeq_loc_mix sederhana di CFeat_CI.
• pemilahan ketat fitur di CFeat_CI untuk menghindari ambiguitas.
• getter CSeq_feat_Handle sekarang bekerja dengan Seq-meja fitur juga.
• fitur Seq-meja sekarang mendukung bidang pengguna multi-level.
• Non-Seq feat Seq-tabel sekarang diakui bahkan jika terletak di sepotong split.
• Mempercepat CBioseq_Handle :: AddId ().
• Dioptimalkan CScope :: AttachXxx ().
• Dukungan split bernama penjelasan.
• CSeqVector dan CSeqVector_CI yang CanGetRange () sekarang kembali palsu bukan melemparkan pengecualian.
• Izinkan untuk menentukan bagaimana menangani menangani yang ada di ResetHistory ().
• Dioptimalkan ulang orangtua jika lebih banyak fitur yang ditambahkan ke CFeatTree.
• Ditambahkan kemungkinan untuk debug CScope penciptaan / penghapusan.
• Banyak perubahan pada C ++ pembersihan fungsi untuk meniru fungsi pembersihan yang sudah ada di C. Masih banyak pekerjaan yang harus dilakukan dengan BasicCleanup, namun kemajuan yang signifikan telah dibuat. Sedikit kerja telah dilakukan untuk ExtendedCleanup seperti yang belum.
• CSeq_loc_Mapper sekarang dapat diinisialisasi dengan GC-Majelis.
• Perbaikan bug:
• pemetaan Tetap lokasi campuran minus strand di CFeat_CI.
• Banyak perbaikan dalam cara CFeatTree link fitur.
• Beberapa perbaikan benang-keselamatan
.
• typo tetap mencegah menambahkan disejajarkan dan grafik untuk CSeq_annot_EditHandle.
• Safeguard terhadap pengecualian ketika menyortir fitur di CFeat_CI
.
• GenBank DATA LOADER:
• Terdaftar HPRD penjelasan eksternal
.
• Ditambahkan opsional exclude_wgs_master param pembaca pubseqos / pubseqos2.
• Diimplementasikan bongkar muat untuk acc / ver, gi, label, dan taxid.
• Ditambahkan CGBDataLoader :: CloseCache
().
• Perbaikan:
• Gunakan massal permintaan pemuatan di CScope :: GetBioseqHandles ().
• statistik pembaca terpisah menurut jenis gumpalan dimuat.
• Ditambahkan timestamp ke pesan debug GenBank.
• Gunakan IConnValidator untuk membuka koneksi PubSeqOS.
• Ditambahkan split-versi permintaan potongan dan subkunci potongan di GenBank cache menghindari menggunakan potongan salah ketika negara gumpalan split berubah dalam ID.
• sekunder nama param kurang membingungkan Ditambahkan timeout terbuka.
• Jangan coba kalikan jumlah dengan jumlah koneksi.
• OBYEK MANAGER UJI DAN DEMO APLIKASI:
• id2_fetch_simple -. Tambah pilihan -id untuk sewenang-wenang Seq-id
• test_bulkinfo -
aplikasi tes baru.
• FASTA:
• C ++ tabel fitur fungsi telah dibuat lebih fungsional seperti untuk bagian dari proyek BankIt.
• asn2flat utilitas
• Jumlah besar perubahan flatfile formatter untuk membawanya lebih dekat negara untuk melepaskan-siap (mungkin melepaskan siap pada saat ini, meskipun beberapa masalah yang relatif kecil tetap).
• XMLWRAPP:
• kesalahan segmentasi tetap dalam kasus mengambil referensi ke ekspresi XPath menjalankan hasil.
• Ditambahkan pembantu untuk mendapatkan ID public, sistem ID dan nama DTD untuk subset eksternal dan internal.
• metode Ditambahkan lookup atribut simpul.
• eksekusi tetap ekspresi XPath: sekarang dimulai dari node yang diberikan
.
• tetap mencari atribut (termasuk default) ketika namespace disediakan.
• Ditambahkan kemampuan untuk menjalankan ekspresi XPath tanpa keharusan untuk mendaftarkan ruang nama eksplisit.
• Ditambahkan kemampuan untuk menyediakan wadah untuk mengumpulkan kesalahan dan peringatan ketika parsing dokumen.
• Ditambahkan kemampuan untuk mengubah nilai-nilai dan ruang nama atribut standar node.
• Ditambahkan kemampuan untuk menguji apakah atribut adalah default.
• Ditambahkan kemampuan untuk memasukkan atau mengeluarkan atribut dengan memperhatikan ruang nama mereka.
• Ditambahkan kemampuan untuk strip deklarasi XML saat dokumen disimpan.
• WindowMasker:
• Ditambahkan format masukan baru, & quot; & quot ;; seqids dengan format masukan ini, input adalah file yang berisi id urutan pada setiap baris, dan algoritma menggunakan Bio-Object Manager untuk mencari urutan.
• Ditambahkan kelas baru CWinMaskConfig, untuk menyimpan semua parameter konfigurasi WindowMasker. Kelas dapat digunakan untuk menambahkan diperlukan argumen baris perintah untuk CArgDescriptions, dan kemudian mendapatkan parameter konfigurasi dari argumen baris perintah.
• BUILD KERANGKA (UNIX):
• Menafsirkan spesifikasi baris perintah dari APP_PROJ atau LIB_PROJ sebagai isyarat untuk membersihkan * _PROJ pengaturan lain tidak juga disediakan di sana. (Membutuhkan GNU Membuat;. Membangun dengan Sun membuat terus bekerja seperti sebelumnya)
• Pasokan target lebih subdirektori:. * _F (Menggunakan makefiles lokal pipih yang dihasilkan pada permintaan, mengabaikan ketergantungan pada bagian lain dari pohon), * _fd (membungkus top-level Makefile.flat), clean_sources dan purge_sources
• Configure dan skrip kenyamanan (compiler / unix / * sh.):
• Yang perlu diperhatikan bendera baru --without-3psw -. Untuk tidak menggunakan dengan perangkat lunak pihak ke-3
• Ditambahkan cek untuk GLEW.
• Peningkatan pemeriksaan untuk Boost dan OpenGL.
• Dukungan menentukan run jalan di Darwin (Mac) sistem dengan toolchain modern.
• BLAST:
• Pada Darwin (Mac OS X), membangun hanya untuk prosesor Intel bahkan jika yang universal membangun karena keterbatasan PowerPC toolchain.
• Ditambahkan dukungan untuk mengambil NCBI Taksonomi ID yang mendukung WindowMasker tersedia.
• Biarkan spesifikasi urutan permintaan bersama dengan beberapa file urutan keselarasan dalam psiblast.
• Ditambahkan dukungan database keras masking.
• Ditambahkan database yang lembut-masking untuk pencarian diterjemahkan.
• Ditambahkan dukungan untuk btop (operasi BLAST traceback) dan permintaan dan panjang subjek dalam laporan tabular.
• aplikasi Command-line - memungkinkan psiblast untuk mencari beberapa pertanyaan, tambah -input_type opsional untuk makeblastdb
• Izinkan penggunaan hit terbaik dan XML dalam mode blast2sequences.
• Peningkatan kinerja format untuk pencarian jarak jauh.
• makembindex sekarang dapat membangun indeks megablast bertopeng langsung dari database BLAST nukleotida menggunakan informasi masking disimpan dalam database BLAST. Hal ini dilakukan dengan baru opsi baris perintah -db_mask untuk makembindex. Opsi menerima id integer algoritma penyaringan didukung oleh database BLAST. Pilihan ini hanya dapat diterapkan dalam hubungannya dengan -iformat blastdb.
• Untuk membantu pengguna dalam mengetahui id numerik algoritma penyaringan didukung oleh database BLAST, yang -show_filters bendera diperkenalkan. Menerapkan bendera dengan -iformat blastdb dan basis data BLAST sebagai masukan menyebabkan makembindex output daftar algoritma penyaringan yang tersedia dan keluar.
• APLIKASI NETCACHE:
• NetCache adalah ulang untuk menyertakan fitur berikut:
• manajemen yang lebih baik dari ruang disk;
• kunci-sedikit pekerjaan dengan gumpalan, versi yang digunakan sebagai pengganti;
• multi-port mendengarkan dan pengaturan per-klien membedakan.
• NetCache dan ICache API:
• Gunakan uint8 di mana-mana untuk ukuran gumpalan
.
• Izinkan pengambilan gumpalan parsial.
• Diperkenalkan proteksi password gumpalan; password kosong diperlakukan sebagai password.
• Pekerja simpul API:
• parameter baru untuk mengakhiri node pekerja jika pemakaian memori melebihi batas yang ditentukan (parameter & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• parameter baru untuk mengakhiri node pekerja jika waktu berjalan melebihi batas yang ditentukan (parameter & quot; total_time_limit & quot;)
.
• APLIKASI GRID:
• netscheduled
• Fixed bug yang menyebabkan tidak membalas perintah antrian penghapusan.
• remote_app
• parameter konfigurasi baru (& quot; tmp_dir & quot;). Untuk mengontrol berapa sementara nama direktori yang dihasilkan - untuk mengurangi panjangnya
• Masuk gumpalan kesalahan penulisan.
• netcache_control
• Izinkan pengambilan gumpalan parsial.
• perintah -Hapus Baru untuk menghapus gumpalan oleh id mereka.
• New parameter -auth untuk menentukan otentikasi string untuk digunakan.
• perintah baru -reconf dan -reinit untuk digunakan oleh NetCache administrator.
• netschedule_control
• modus kompatibilitas Diaktifkan untuk membuat pekerjaan netschedule_control dengan node pekerja yang lebih tua.
• cgi2rcgi.cgi
• Jangan membuat NetCache gumpalan kosong sebagai tempat untuk pesan kemajuan.
• kesalahan Log Grid yang dilaporkan kepada pengguna.
• Izinkan spasi pada parameter ID pekerjaan.
• Dukungan output dari informasi status pekerjaan dalam format JSON.
• Izinkan HTML kustom template yang akan ditetapkan untuk kesalahan GRID dan acara lainnya.
• Ditambahkan no-cache HTTP header untuk menghindari caching hasil antara.
• ncfetch.cgi
• parameter baru untuk mengakses gumpalan yang dilindungi sandi.
• Menafsirkan ekstra parameter & quot; nama file & quot; sebagai nama file untuk file yang didownload.

Apa yang baru dalam versi 31 Desember 2008:

• Rilis ini menambahkan metode untuk menghitung-kolom tertentu pseudocounts di PSI-BLAST.
• Ini refactors perpustakaan layanan jaringan.
• Ia menambahkan kerangka pengujian unit dan error logging untuk semua kelas Berkas API.
• Ini perbaikan dukungan pthread pada IRIX. Hal ini meningkatkan dukungan serialisasi XML.
• Ini perbaikan dukungan untuk Sybase.
• Ia menambahkan dukungan untuk tabel lookup yang lebih kecil untuk permintaan kecil.
• Ia menambahkan API untuk mengambil statistik loader GenBank.
• Ini telah berbagai macam tambahan lain, pemercepat, dan perbaikan bug.