Genome mRNA profiling menyediakan snapshot dari negara global sel di bawah kondisi yang berbeda. Namun, tingkat mRNA tidak memberikan pemahaman langsung dari mekanisme pengaturan hulu. Expression2Kinases (X2K) adalah pendekatan baru untuk mengidentifikasi regulator hulu kemungkinan bertanggung jawab untuk perubahan yang diamati dalam ekspresi gen genome. Dengan mengintegrasikan CHIP-seq / Chip dan posisi-berat-matriks (PWMs) data, interaksi protein-protein, dan reaksi fosforilasi kinase-substrat X2K dapat digunakan untuk mengidentifikasi mekanisme pengaturan hulu perbedaan genome dalam ekspresi gen. Idenya adalah untuk pertama menyimpulkan faktor transkripsi yang paling mungkin yang mengatur perbedaan dalam ekspresi gen, kemudian menggunakan interaksi protein-protein untuk menghubungkan faktor transkripsi yang diidentifikasi dengan menggunakan protein tambahan untuk membangun subjaringan peraturan transkripsi berpusat pada faktor-faktor ini, dan akhirnya menggunakan kinase-substrat reaksi fosforilasi protein, untuk mengidentifikasi dan calon peringkat protein kinase-yang kemungkinan besar mengatur pembentukan kompleks transkripsi diidentifikasi. X2K juga berisi alat untuk melakukan gen-daftar analisis pengayaan dan memprediksi obat yang dapat membalikkan atau memperburuk perubahan dalam ekspresi gen. . Pendekatan X2K dapat memajukan pemahaman kita tentang sel sinyal dan mengungkap obat mekanisme aksi
Persyaratan :
Java Runtime Environment 6.0
Komentar tidak ditemukan