DendroPy

Ini menyediakan kelas dan fungsi untuk bekerja dengan data filogenetik seperti pohon dan karakter matriks.
Ini juga mendukung membaca dan menulis data dalam berbagai format data filogenetik standar, seperti NEXUS, NeXML, program PHYLIP, Newick, FASTA, dll ..
Selain itu, skrip untuk melakukan beberapa perhitungan filogenetik berguna didistribusikan sebagai bagian dari perpustakaan, seperti SumTrees, yang merangkum dukungan untuk split atau clades diberikan oleh sampel posterior pohon filogenetik.
Ada diperpanjang dokumentasi dan file tutorial dalam paket download

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• infrastruktur baru untuk metadata
AnnotationSet dan Anotasi: penjelasan.
• Dukungan penuh dari NeXML 0,9 metadata parsing dan menulis.
• get_from_url () dan read_from_url () metode sekarang memungkinkan untuk membaca data filogenetik dari URL.
• Modul interoperabilitas Ditambahkan GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Apa yang baru dalam versi 3.12.2:

• infrastruktur baru untuk penjelasan metadata: AnnotationSet dan Anotasi.
• Dukungan penuh dari NeXML 0,9 metadata parsing dan menulis.
• get_from_url () dan read_from_url () metode sekarang memungkinkan untuk membaca data filogenetik dari URL.
• Modul interoperabilitas Ditambahkan GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Apa yang baru dalam versi 3.11.0:

• Script Aplikasi baru untuk gabungan dari label cabang dari seluruh
sumlabels.py: beberapa pohon masukan.
• kelas interoperabilitas New dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. pembungkus untuk Seq-Gen diintegrasikan ke dalam perpustakaan
• New fungsi interoperabilitas dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. pembungkus untuk OTOT keselarasan
• New kelas interoperabilitas dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. pembungkus untuk RAxML
• metode prune_taxa () ditambahkan ke CharacterMatrix.
• modul Matematika pindah ke sub-paket mereka sendiri. dendropy.mathlib
• Modul Baru untuk matriks dan vektor perhitungan:
dendropy.mathlib.linearalg.
• Modul Baru untuk perhitungan jarak statistik:
dendropy.mathlib.distance.
• Keluarga dari Mahalanobis fungsi penghitungan jarak di dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, mahalanobis, mahalanobis_1d

Apa yang baru di versi 3.9.0:

• Fitur Baru:
• kontras independen filogenetik (PIC) analisis sekarang dapat dilakukan dengan menggunakan kelas dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Sederhana coalescent terkandung (pohon gen pada spesies pohon) simulasi.
• Perubahan:
• argumen Kata Kunci untuk as_string (), write_to_path (), write_to_file, dll metode telah tweak untuk menjadi lebih konsisten untuk NEXUS dan format Newick. Kata kunci sebelumnya masih didukung, tapi akan usang. Set baru argumen kata kunci didukung dapat dilihat di: ref: NEXUS dan Newick menulis kustomisasi & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; Bagian.
• NEXUS dan Newick format yang sekarang default ke huruf-sensitif label takson; tentukan case_insensitive_taxon_labels = False untuk kasus-sensitivitas.
• Perbaikan Bug:
• Membaca karakter interleaved matriks ada hasil lagi di blok berikut yang dilewati (NEXUS).
• Tertangkap OverflowError ketika menghitung ringkasan statistik.

Apa yang baru di versi 3.8.0:

• benda Pohon sekarang dapat rerooted di titik tengah (lihat Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Penjelasan (yaitu, atribut dari Pohon, Node atau Ujung benda yang memiliki & quot; keterangan () & quot; meminta mereka) sekarang dapat ditulis sebagai komentar metadata (& quot; [& bidang = nilai] & quot;) ketika menulis NEXUS / Format Newick jika annotations_as_comments argumen kata kunci yang digunakan.
• Ketika membaca di NEXUS / Newick Format pohon, menentukan extract_comment_metadata = True akan menghasilkan komentar metadata ditarik ke kamus, dengan tombol yang fieldnames dan nilai-nilai menjadi nilai bidang.
• Ketika membaca format data NEXUS, SETS blok akan diproses, dan karakter set diurai ke dalam CharacterDataMatrix relevan.
• Character set (seperti, misalnya, diurai dari NEXUS SETS blok: lihat di atas) dapat diekspor sebagai objek CharacterDataMatrix baru, dan disimpan / dimanipulasi / dll. independentally.
• Saat menulis di NEXUS atau Newick format, yang write_item_comments argumen kata kunci (Benar atau Salah) dapat mengontrol apakah komentar diperpanjang terkait dengan node pada pohon akan ditulis atau tidak.
• kelas TopologyCounter ditambahkan ke dendropy.treesum:. memungkinkan untuk pelacakan frekuensi topologi
• treesplits.tree_from_splits () memungkinkan membangun dari (topologi-satunya) pohon dari satu set split.
• Kebanyakan fungsi yang digunakan untuk menjadi 'dendropy.treemanip' kini telah bermigrasi sebagai metode asli dari kelas dendropy.Tree. 'Dendropy.treemanip' akan usang.
• Pohon sekarang dapat dipangkas berdasarkan daftar label taksa untuk menghapus atau menyimpan (sebelumnya, metode hanya akan menerima daftar benda Takson).

Apa yang baru di versi 3.7.1:

• Fitur Baru:
• Pelaksanaan 'Pendekatan Umum Sampling' (Hartman et al 2010:... Pohon Sampling dari Evolusioner Model; Syst Biol 49, 465-476). metode simulasi pohon dari model kelahiran-kematian
• Perubahan:
• Benar / nama yang konsisten untuk beberapa fungsi probabilitas.
• Perbaikan Bug:
• Bug dalam mengkonfirmasikan Timpa file output ketika menggunakan SumTrees '-e' / '- split-ujungnya'. opsi
• Kuno dan beruban referensi semi-fosil untuk 'taxa_block' dikoreksi 'taxon_set'.

Apa yang baru di versi 3.7.0:.

• Bermigrasi ke lisensi BSD-style

Apa yang baru di versi 3.6.1:

• SumTrees sekarang bekerja (dalam mode serial) di bawah lebih tua versi Python (yaitu & # x3c; 2,6).
• Perbaikan untuk kompatibilitas dengan Python 2.4.x.

Apa yang baru di versi 3.5.0:

• metode Ditambahkan ladderize (), untuk memesan node di naik (default) atau turun (ladderize (kanan = True)) order.
• Tambah & quot; binatang-summary-pohon & quot; spesifikasi skema untuk memproses pohon konsensus BEAST dijelaskan.
• Ditambahkan modul baru untuk berinteraksi dengan database NCBI. dendropy.interop.ncbi

Apa yang baru di versi 3.4:..

• Bundled ez_setup.py diperbarui ke versi terbaru

Persyaratan :

• Python 2,4-3,0