Sel Elektrofisiologi Simulasi Lingkungan (Cese) adalah kerangka kerja yang komprehensif yang dirancang khusus untuk melakukan simulasi elektrofisiologi komputasi, misalnya, simulasi aktivitas listrik jantung miosit.
Sel Elektrofisiologi Simulasi Lingkungan berguna untuk simulasi potensial aksi, arus ion individu, dan perubahan konsentrasi ion.
Cese adalah program lintas-platform, berjalan pada sistem yang memiliki Java Runtime Environment (JRE) versi 1.4 atau di atas. Itu diuji pada Windows, Linux, Solaris, MacOS X, dan AIX.
Pengguna Cese
Cese adalah lingkungan yang terintegrasi untuk melakukan simulasi komputasi menggunakan berbagai model elektrofisiologi.
Pada tahap ini Cese memungkinkan penciptaan dan pelaksanaan model-sel tunggal (mengandung Hodgkin-Huxley (HH) dan formulasi saat Markov). Model aktivitas listrik dari miosit jantung dengan kode sumber disertakan dalam distribusi Cese. Kami berharap untuk memperluas jumlah model yang tersedia, dan menambahkan model neuron tertentu di masa depan.
Kekuatan utama Cese dalam keseragaman & # 65533; antarmuka program yang tetap sama untuk berbagai jenis model. Anda dapat dengan mudah beralih di antara model dan membandingkan output simulasi. Parameter model dapat dimodifikasi, dipilih untuk output dan / atau dijepit di sama, cara standar.
Cese memperluas arti elektrofisiologi konvensional dari "tegangan klem". Anda dapat menjepit hampir semua variabel model termasuk tegangan (potensial membran), arus ion keseluruhan atau individu, konsentrasi ion, temperatur, variabel gating, dll perintah menjepit bisa sepotong-bijaksana fungsi kompleks, individual ditetapkan untuk variabel model bunga . Hal ini membuka kemungkinan tak terbatas untuk eksplorasi perilaku model yang kompleks.
Cese menyediakan sederhana, tapi efisien visualisasi data. Hasil simulasi dapat disajikan dalam bentuk grafis dan ditabulasikan. Plot dapat disesuaikan, dan wilayah kepentingan diperbesar.
Meskipun Cese tidak dirancang untuk menjadi alat analisis data, Anda dapat menghasilkan hubungan arus-tegangan (I-Vs) dan menghitung parameter statistik untuk sinyal yang diberikan dalam program ini. Anda dapat mengekspor data ke ASCII, Axon File teks (ATF), dan format netCDF untuk melanjutkan analisis dalam paket favorit Anda.
Pengembang Cese
Cese diciptakan dari bawah ke atas untuk menggabungkan praktek pemrograman terbaik yang tersedia untuk pengembang Java, baik dari segi konsistensi antarmuka pengguna dan kode kejelasan dan digunakan kembali. Jika memungkinkan, Cese mengandalkan API Java yang tersedia (misalnya Java2D, JavaBeans, JAXP) untuk menyederhanakan kode.
Pembuatan model memerlukan sejumlah fungsi pekerjaan rumah tangga yang akan dikodekan & # 65533; ini termasuk integrator ODE, rutinitas untuk menangani parameter model, menyimpan / mengembalikan model negara, visualisasi hasil simulasi, dll Cese menyediakan implementasi untuk rutinitas ini, maka, Anda dapat berkonsentrasi pada menulis kode untuk saat ionik beton (s), dan Cese akan menangani sisanya.
Cese tidak mencoba untuk membuat kerangka kerja pemrograman yang rumit dari 65533 sendiri & # nya; melainkan menggunakan inti API Java. Misalnya, model komponen Java sesuai dengan spesifikasi JavaBeans. Kami menggunakan XML untuk menentukan menjepit perintah, dan Jawa serialisasi objek untuk menyimpan / mengembalikan parameter model.
Apa yang Baru di Release ini:
Komentar tidak ditemukan