Bioinformatika benchmark Sistem adalah upaya untuk membangun kerangka kerja yang wajar pengujian, tes, dan data, yang memungkinkan pengguna akhir dan vendor untuk menyelidiki kinerja sistem mereka.
Apa yang kita coba lakukan adalah untuk menciptakan kerangka kerja untuk pengujian, dan satu set inti dari tes yang semua dapat men-download dan digunakan untuk menyelidiki unsur-unsur tertentu dari kinerja sistem.
Selain itu, sumber untuk tes ini tersedia di bawah GPL, dan host di Bioinformatics.org dan Scalable Informatika LLC Idenya adalah untuk memungkinkan pengguna akhir, konsumen, pengembang sistem, dan lain-lain untuk dengan mudah membangun dan menggunakan tes bermakna untuk pengukuran dan tuning alasan .
Joe Landman dari Scalable Informatika LLC dikandung ide dan menulis kode asli. Kami mencari tambahan saran patokan kode, tes, set data, dll
Tes awal saat beberapa NCBI BLAST berjalan, beberapa berjalan HMMer, dan berbagai lain. Kami berencana untuk menyertakan CLUSTALW, X! Tandem, berbagai kimia, dinamika, dan tes terkait, serta beberapa orang lain.
Tes seperti LINPACK atau HPL hanya tidak memberikan indikator kinerja bermakna atau model prediktif untuk informatika kinerja tinggi. Sayangnya, juga tidak sejumlah tes yang lebih baru dan terfokus.
Ini adalah masalah yang LINPACK dan HPL secara khusus menguji kinerja pada berbagai operasi matriks, di mana Anda memiliki pola akses memori rutin efektif, dan operasi matematika tertentu.
Kode-kode ini adalah yang paling berguna untuk dibandingkan dengan kode dengan operasi floating point berat, dan lalu lintas memori disisipkan. Kode-kode ini tidak dirancang untuk sistem benchmarking komprehensif, di mana disk I / O, latency memori, dan faktor lainnya semua berkontribusi terhadap masalah kinerja.
Tes terbaik adalah orang-orang yang paling mirip dengan kode Anda akan berjalan di mesin. Tes sendiri harus perkiraan yang masuk akal untuk eksekusi riil kode Anda, menggunakan data real. Anda mungkin perlu pare kembali untuk mendapatkan jangka waktu yang realistis.
Anda harus memiliki subset wajar ukuran data. Sebuah tes tunggal tidak memberitahu Anda bagaimana sistem Anda skala, dan salah satu alasan untuk keberadaan tes ini adalah khusus untuk memungkinkan Anda untuk menguji kinerja sementara Anda meningkatkan berbagai aspek beban kerja.
Anda jarang mendapatkan sistem diam dalam sebuah cluster, jadi kami akan merekomendasikan bahwa Anda mencoba untuk menjalankan sebagai realistis lingkungan operasi mungkin. Sebuah dasar dalam sistem diam baik-baik saja, tapi mungkin menetapkan harapan Anda masuk akal.
atas
Komentar tidak ditemukan