Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Keselarasan Cari Alat ini dalam BLAST singkat adalah seperangkat program pencarian kesamaan dirancang untuk mengeksplorasi semua urutan yang tersedia database terlepas dari apakah query adalah protein atau DNA.
Ini menggunakan algoritma heuristik yang berusaha lokal sebagai lawan keberpihakan global, dan karena itu mampu mendeteksi hubungan antara urutan yang hanya berbagi daerah terisolasi kesamaan.
Hal ini dapat dijalankan secara lokal sebagai executable penuh, dan dapat digunakan untuk menjalankan pencarian BLAST terhadap pribadi, database lokal, atau download salinan database NCBI. Ini berjalan pada Mac OS, Win32, LINUX, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF, dan HP-UX sistem

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• Perbaikan:
• dokumentasi Enhanced, termasuk instruksi pengaturan disederhanakan, tersedia di http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Ditambahkan dukungan untuk hard-masking database BLAST.
• Meningkatkan kinerja makeblastdb untuk input FASTA dengan sejumlah besar urutan, meningkatkan pengecekan error.
• Izinkan pilihan Hit Terbaik dan XML format untuk mode Blast2Sequences
• Izinkan beberapa urutan permintaan untuk psiblast.
• Izinkan spesifikasi setiap urutan urutan keselarasan beberapa sebagai master dengan argumen -in_msa psiblast.
• Tambah argumen -input_type opsional untuk makeblastdb.
• Ditambahkan dukungan untuk query dan panjang tunduk pada hasil tabular.
• Kinerja argumen -seqidlist membaik.
• minimum dari jumlah deskripsi dan keberpihakan sekarang digunakan untuk tabel dan output XML (konsisten dengan perilaku aplikasi blastall tua).
• Perbaikan bug:
• Makeblastdb dan masalah blastdbcmd dengan parsing, menyimpan, dan mengambil pengidentifikasi urutan.
• pengidentifikasi subjek Hilang dalam output tabel.
• Blast_formatter mengabaikan -num_alignments dan -num_descriptions
• format arsip Ledakan dapat disimpan secara salah dengan beberapa pertanyaan.
• Blast_formatter membentuk koneksi jaringan tidak diperlukan.
• Blast_formatter tidak menyimpan masking informasi dengan benar.
• Rpstblastn mungkin crash jika mencari banyak rangkaian.
• Indexed megablast tidak akan berjalan dalam mode multi-threaded.
• title Query di PSSM diselamatkan oleh psiblast tidak disimpan.
• Kemungkinan kegagalan untuk berjalan dalam mode multi-threaded dengan beberapa pertanyaan atau urutan database yang besar.
• Tblastn berjalan dengan database masking mungkin akan kehilangan pertandingan.
• output dipotong untuk masukan urutan dengan spasi ekstra dalam defline yang
• Masalah dengan MacOSX binari pada MacOSX 10.5

Apa yang baru dalam versi 2.2.24:

• Memperkenalkan BLAST Format Arsip untuk mengizinkan memformat stand sendiri BLAST pencarian dengan blast_formatter tersebut.
• Ia menambahkan dukungan untuk diterjemahkan masking lunak subjek dalam database BLAST.
• Ia menambahkan dukungan untuk BLAST jejak-kembali operasi (btop) format output.
• Ia menambahkan opsi baris perintah untuk blastdbcmd untuk daftar database BLAST yang tersedia.
• Peningkatan kinerja format pencarian BLAST terpencil. Menggunakan kode keluar konsisten untuk keluar dari kondisi memori.
• Sebuah memperbaiki bug di megablast diindeks dengan beberapa database BLAST ruang yang dipisahkan.

Apa yang baru dalam versi 2.2.19:

• The BLASTDB variabel lingkungan sekarang mendukung beberapa jalur database pencarian . Bila mungkin, tabel pencarian protein yang lebih kecil digunakan untuk meningkatkan kinerja.
• formatrpsdb sekarang mendukung menciptakan database yang lebih besar dari 2G.
• seedtop sekarang mendukung pencarian dengan daftar gi.
• Nilai X3 untuk BLASTN / megablast diperbaiki.