LANGKAH adalah paket untuk simulasi stokastik yang tepat dari sistem reaksi-difusi dalam geometri 3D sewenang-wenang kompleks. Algoritma simulasi inti kami adalah implementasi Gillespie SSA, diperluas untuk menangani difusi molekul atas unsur-unsur mesh...
tapir adalah alat Python yang berisi program untuk memperkirakan dan merencanakan informativeness filogenetik untuk dataset besar. Mengutip tapir Bila menggunakan tapir, silakan mengutip:- Faircloth SM, Chang J, Alfaro ME: tapir memungkinkan analisis...
picme adalah paket Python yang berisi program untuk memperkirakan dan merencanakan informativeness filogenetik untuk dataset besar. Instalasi Untuk saat ini, cara termudah untuk menginstal program ini adalah:git clone git:...
tigreBrowser adalah ekspresi gen Model Browser untuk hasil dari paket R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Instalasi: tigreBrowser membutuhkan Python versi> = 2.5. tigreBrowser dapat diinstal dengan perintah...
checkmyclones adalah perangkat lunak yang menyediakan alat untuk memeriksa Sanger hasil sekuensing & nbsp;. (Atau plain-text atau file FASTQ) terhadap seperangkat urutan referensi, tersedia dalam format yang wajar (termasuk koordinat) Persyaratan : ...
Syntainia adalah aplikasi inovatif untuk visualisasi beberapa genom & nbsp;. Ini menyajikan antarmuka pengguna yang sederhana dan intuitif untuk melihat dan memanipulasi hubungan antara kelompok gen. Dengan visualisasi gen yang lebih jelas, lebih mudah...
CWC Simulator adalah C ++ pelaksanaan KSK, kalkulus untuk representasi dan simulasi sistem biologis & nbsp;. Setelah instalasi berhasil (lihat INSTALL) Anda akan dapat menjalankan simulasi atas model CWC, seperti yang ditunjukkan dalam beberapa contoh...
AREM adalah berdasarkan MACS (Analisis Berbasis Model untuk data CHIP-Seq).Tinggi-throughput sequencing digabungkan dengan kromatin presipitasi immuno- (CHIP-Seq) secara luas digunakan dalam menggambarkan genome pola mengikat faktor transkripsi, kofaktor,...
AHREA adalah suite sofware yang membuat menemukan Ekspresi Relatif peserta didik mudah. . Hal ini ditulis dalam Python Persyaratan : ...
E-Cell System adalah konsep membangun sel virtual pada komputer.E-Cell System merupakan perangkat lunak berorientasi objek suite untuk pemodelan, simulasi, dan analisis sistem yang kompleks skala besar seperti sel biologis, architected oleh Kouichi...
