Software screenshot:
Rincian Software:
Versi: 4.0.1 Diperbarui
Tanggal Upload: 7 Mar 16
Pengembang: The relax team
Lisensi: Gratis
Popularitas: 64
bersantai adalah open source dan proyek perangkat lunak bebas didistribusikan yang telah dirancang untuk mempelajari dinamika molekul dengan menganalisis data NMR eksperimen, mendukung molekul organik, RNA, protein, gula, DNA, dan banyak biomolekul lainnya.
Fitur sekilas
bersantai mendukung beberapa teori NMR, menerapkan berbagai alat analisis data sebagai komponen modular, dan dapat berinteraksi dengan program lain, seperti Dasha dan Modelfree. Selain itu, mendukung berbagai teori NMR, menggabungkan beberapa alat analisis data, memungkinkan pengguna untuk memvisualisasikan data, serta untuk berinteraksi dengan program lain.
Menawarkan CLI dan GUI lingkungan
Terlepas dari kenyataan bahwa aplikasi datang dengan baik CLI (Command-line Interface) dan GUI (Graphical User Interface) front-end, beberapa pihak ketiga grafis antarmuka pengguna (GUI) ada untuk bersantai.
Mendukung berbagai jenis analisis
Di antara jenis didukung analisis, bersantai dapat menangani relaksasi dispersi, pengujian konsistensi beberapa NMR lapangan (Nuclear Magnetic Resonance) Data relaksasi, Model N-negara dan bingkai order, analisis model bebas, R1 dan R2, NOE, RSDM (Mengurangi Spectral Density Mapping), serta investigasi stereokimia.
Membuat skrip yang sangat kompleks
Dalam rangka untuk mengotomatisasi proses analisis data, adalah mungkin untuk membuat script yang sangat kompleks dengan menggunakan blok bangunan. Untuk ini, para pengembang menyediakan berbagai contoh skrip yang akan membantu Anda untuk memahami konstruksi naskah dan untuk lebih mudah membuat Anda sendiri.
Di bawah tenda, didukung OS dan ketersediaan
Melihat di bawah tenda, kita dapat melihat bahwa program ini seluruhnya ditulis dalam bahasa pemrograman Python dan menggunakan cross-platform Qt GUI toolkit untuk antarmuka pengguna grafis, yang berarti berjalan pada Linux, Microsoft Windows dan Mac OS X sistem operasi.
Aplikasi ini tersedia untuk di-download sebagai arsip biner untuk banyak sistem GNU / Linux operasi, yang mendukung baik 32-bit (x86) dan 64-bit (x86_64) set instruksi arsitektur, serta tarball source.
Apa yang baru di rilis ini:
- Fitur:
- Banyak perbaikan untuk kompilasi dari versi HTML dari bersantai manual.
- Updated bersantai untuk menghilangkan semua FutureWarnings dari numpy & ge; 1.9, untuk masa depan-bukti bersantai terhadap perubahan perilaku numpy mendatang.
- Kemampuan untuk menangani direplikasi R2, titik data eff oleh fungsi pengguna relax_disp.r2eff_read, tetapi menambahkan 0,001 dengan nilai frekuensi untuk jalur direplikasi.
- Sebuah contoh script baru untuk memuat hasil model-file gratis dan back-menghitung data relaksasi.
- Perbaikan untuk penanganan data struktur PDB.
- Pelaksanaan structure.pca fungsi pengguna untuk melakukan analisis komponen utama (PCA) dari sebuah ensemble dari struktur.
- Penambahan script untuk penyebaran cepat pada infrastruktur Google Cloud Computing.
- Perubahan:
- Fix untuk kaku model frame agar tingkat 2 bingkai rangka matriks dalam manual. Simbol yang salah sedang digunakan.
- Dihapus newparagraph dan newsubparagraph definisi dari manual LaTeX. Ini yang menyebabkan konflik dengan latex2html, mencegah versi HTML dari manual dari yang dikompilasi. Definisi ini tidak diperlukan untuk set saat up dari sectioning dalam manual.
- Modified keterangan singkat dalam kerangka model bab baru dari manual. The rahasia á> karakter § telah diganti hanya dengan 'Daeg'. Hal ini disebabkan tidak kompatibel dengan latex2html yang mencegah manual HTML dari yang disusun.
- Penghapusan definisi-lebar tetap kolom tabel dari pembukaan panduan LaTeX. Ini diperlukan sebagai istirahat definisi latex2html kompatibilitas, menyebabkan korupsi di penomoran angka sehingga gambar dalam HTML yang akan dasarnya acak.
- Penghapusan paket aksen untuk memungkinkan pengguna HTML untuk dikompilasi. Paket aksen LaTeX tidak kompatibel dengan latex2html, sehingga memperbaiki termudah adalah dengan menghilangkan paket.
- manual diputar elemen bingkai agar matriks EPS angka manual, untuk kompatibilitas latex2html. perintah '90 rotate 'telah dihapus dan kotak berlari permutasi sebagai b c d - & gt; b -c d -a. Hal ini memungkinkan argumen sudut di includegraphics {} perintah untuk turun, karena latex2html tidak mengakui ini. Hal ini memungkinkan angka dapat dilihat di versi HTML dari manual.
- Redesain frame urutan tabel parameter bersarang di manual untuk kompatibilitas latex2html. meja menggunakan paket tikz, yang fatal bagi latex2html, bahkan jika tidak digunakan. Oleh karena itu meja di docs / lateks / frame_order / berkas parameter_nesting.tex telah diubah menjadi sebuah dokumen LaTeX mandiri untuk membuat versi postscript dipotong dari tabel tikz diformat. Sebuah script kompilasi telah ditambahkan juga. Resultan File * .ps sekarang termasuk ke dalam PCS bagian integrasi numerik, daripada bagian ini membuat tabel tikz. Semua teks tikz pembukaan telah dihapus untuk memungkinkan latex2html untuk menjalankan.
- Solusi untuk latex2html tidak mampu menangani allrunes paket atau huruf terkait. Dalam lingkungan htmlonly basa-basi, simbol bingkai ketertiban didefinisikan ulang dengan menggunakan teks 'Daeg' bukan karakter rahasia á> §.
- Perbaikan untuk sub dan superscripts seluruh manual. Ini memperkenalkan {} sekitar semua sub dan textrm superscripted {} contoh. Ini tidak diperlukan untuk versi PDF dari manual sebagai masalah braket hilang dihindari, tetapi hal itu mempengaruhi versi HTML dari manual yang disusun oleh latex2html, yang mengharuskan notasi yang benar. Perbaikan yang baik untuk frame urutan bab baru serta bab dispersi relaksasi.
- Editing dan perbaikan untuk bersantai 4.0.0 bagian dari file PERUBAHAN.
- Diperbarui dan ditingkatkan petunjuk wiki dalam dokumen daftar bersantai melepaskan.
- Satu lagi wiki instruksi tentang memeriksa link mati dalam dokumen rilis checklist.
- perubahan lebih kecil pada bagian 'Pengumuman' dari dokumen rilis checklist.
- Updated script shell untuk menemukan judul digandakan dalam file LaTeX dari manual.
- Dikonversi duplikat menemukan shell script ke dalam script Python judul. Script Python jauh lebih maju dan menggunakan logika yang berbeda untuk menghasilkan tabel judul direplikasi dan jumlah mereka. script juga mengembalikan status keluar gagal ketika ulangan ada.
- Dikonversi judul direplikasi menemukan script Python menggunakan struktur kelas. Hal ini memungkinkan script yang akan diimpor sebagai modul. Replikasi Temuan telah bergeser menjadi () metode kelas find.
- Berganti nama judul mereplikasi menemukan naskah.
- Dihapus judul LaTeX duplikat menemukan shell script. Ini sekarang ditangani oleh script Python jauh lebih maju.
- The Scons kompilasi dari PDF dan HTML manual sekarang memeriksa judul direplikasi. Target replicate_title_check baru telah ditambahkan ke skrip scons. Ini menyebut find () metode replikasi LaTeX skrip judul Temuan untuk menentukan apakah judul direplikasi, dan jika demikian scons menargetkan kembali dengan sys.exit (1) panggilan. Target ini ditetapkan pada awal target user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons. Hasilnya adalah bahwa pengguna tidak dapat dikompilasi jika judul mereplikasi ada, memaksa judul diubah. Hasilnya akan bahwa halaman HTML semua akan menjadi unik, karena hasil judul direplikasi dalam satu halaman HTML yang dibuat untuk semua bagian.
- Penghapusan judul direplikasi di sumber LaTeX bahwa bab bingkai orde baru diperkenalkan.
- Penghapusan judul direplikasi tua di sumber LaTeX untuk manual. Ini adalah judul 'Model-bebas analisis' yang digunakan untuk seluruh bab analisis spesifik serta untuk bagian analisis model bebas dari nilai-nilai, gradien, dan Hessians untuk bab optimasi.
- Perbaikan dan hasil cetak yang lebih baik untuk sasaran replicate_title_check yang scons.
- Updated semua bersantai untuk melindungi terhadap perubahan masa depan yang terjadi dalam paket numpy Python. Dari numpy versi 1.9, FutureWarning yang __main __: 1: FutureWarning: dibandingkan dengan `None` akan menghasilkan perbandingan objek elementwise di masa depan. terlihat dalam persentase besar semua bersantai fungsi pengguna. Ini tertangkap dan berubah menjadi RelaxWarning dengan pesan yang sama. Masalahnya adalah bahwa perilaku operator perbandingan == dan! = akan berubah dengan versi numpy masa depan. Ini telah diganti dengan yaitu dan tidak seluruh basis bersantai kode. Perubahan juga telah dilakukan terhadap minfx dan bmrblib paket untuk mencocokkan.
- Lebih perlindungan masa depan terhadap perubahan numpy. FutureWarning adalah `rank` sudah ditinggalkan; menggunakan `atribut ndim` atau fungsi sebagai gantinya. Untuk menemukan pangkat matriks melihat `numpy.linalg.matrix_rank`. Oleh karena itu N-negara metode fungsi target Model paramag_info () telah diperbarui untuk menggunakan atribut .ndim dan lagi penggunaan numpy.rank () fungsi.
- Dibuat tes sistem Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Ini dirancang untuk menangkap bug # 23933, yang "NameError: Nama global id 'tidak didefinisikan" masalah ketika loading data yang relaksasi. Sebuah versi terpotong dari PDB berkas dan relaksasi data, versi penuh yang melekat pada laporan bug, yang terdiri semata-mata dari residu 329, 330, dan 331 telah ditambahkan ke direktori data yang test suite bersama, dan uji sistem ditulis untuk menangkap NameError.
- Updated tes sistem Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids untuk menangkap RelaxMultiSpinIDError. Hal ini memungkinkan pengujian sistem untuk lulus, sebagai RelaxMultiSpinIDError diharapkan.
- Diperbarui minfx dan bmrblib versi dalam dokumen rilis checklist untuk 1.0.12 dan 1.0.4. Hal ini untuk menghapus pesan FutureWarning numpy tentang == None dan =! Tidak ada perbandingan untuk struktur data numpy, yang di masa depan akan berubah dalam perilaku.
- Meningkatkan Gna! berita sectioning mendalam dalam dokumen rilis checklist.
- Expanded deskripsi fungsi sequence.attach_protons pengguna. Ini mengikuti dari http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
- Ditambahkan data awal untuk data pengujian dari Paul Schanda. Ini akan menunjukkan bahwa ada beberapa kemungkinan untuk meningkatkan R2, metode titik eff.
- Ditambahkan tes sistem Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Ini akan menangkap peminjaman nilai nan.
- Dibuat pemeriksaan tambahan dalam urutan membaca, bahwa nilai-nilai nan dilewati.
- Memastikan bahwa 4000 titik Hz yang direplikasi untuk percobaan 950 MHz tidak ditimpa.
- Pada uji sistem Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, menambahkan uji menghitung R2, nilai eff. Hal ini menunjukkan bahwa direplikasi R2, eff di 950 MHz / 4000 titik Hz ditimpa. Sebuah solusi bisa untuk mengubah frekuensi dispersi sangat sedikit, untuk memungkinkan penambahan titik data.
- Ditambahkan tes lebih lanjut untuk Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Ini akan menunjukkan bahwa ulangan dari R2, nilai-nilai eff tidak ditangani dengan baik.
- Dalam fungsi r2eff_read dalam modul data dispersi, menambahkan kemungkinan untuk membaca R2, nilai eff yang direplikasi. Hal ini dilakukan pengecekan pertama jika tombol dispersi ada di R2, kamus eff. Jika ada, terus menambah 0,001 dengan frekuensi hingga kemungkinan baru ada. Hal ini akan membantu menangani beberapa R2, poin eff, sebagai nilai-nilai yang terpisah dan tidak mengambil keputusan untuk rata-rata mereka.
- Ditambahkan harapan membesarkan sebuah bersantai kesalahan, jika mencoba untuk merencanakan dan tidak ada informasi model disimpan.
- Meningkatkan kesalahan jika merencanakan kurva dispersi, dan ada model disimpan.
- Berubah contoh script untuk menganalisis data.
- Diperpanjang tes sistem Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 untuk memasukkan auto-analisis dan cocok berkerumun. Ini harus menunjukkan bahwa analisis sekarang mungkin.
- Ditambahkan negara sementara dan script untuk konfigurasi GUI untuk data Paul Schanda.
- Ditambahkan tes Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Ini akan menunjukkan bahwa memuat sebuah negara akan menciptakan masalah. Traceback (terbaru panggilan terakhir): TypeError:. Int () Argumen harus berupa string atau angka, tidak 'NoneType'
- Ditambahkan contoh script untuk data relaksasi back-menghitung dari model-file gratis hasil. Hal ini berguna ketika file hasil bukan model akhir, sebagai hasil ini berkas tidak mengandung data back-dihitung. Hal ini dalam menanggapi Christina Moller ini permintaan dukungan # 3303.
- Menggunakan Gary lib.float.isNaN () bukan math.isnan (), memiliki kompatibilitas mundur dengan python 2,5.
- Fix untuk kesalahan ejaan dan mendokumentasikan perilaku baru relax_disp.r2eff_read, ketika membaca R2, poin eff dengan frekuensi yang sama. Jika spin-wadah yang sudah berisi R2, nilai eff dengan 'frekuensi CPMG pulsa' atau 'kekuatan medan spin-kunci', frekuensi akan berubah dengan nilai kecil kecil dari + 0.001 Hz. Ini memungkinkan untuk duplikat atau lebih dari frekuensi yang sama.
- Modified objek struktural internal yang akan kurang dipengaruhi oleh format PDB. PDB nomor seri sekarang cerdas ditangani, dalam hal ini adalah ulang ke 1 ketika model baru dibuat. Informasi ini masih disimpan untuk mendukung logika pembacaan catatan conect, dan akan dihilangkan di masa depan. Rantai ID informasi kini tidak lagi disimpan dalam objek struktural internal, informasi ini diciptakan oleh fungsi structure.write_pdb pengguna berdasarkan bagaimana objek struktural internal yang telah dibuat.
- Pembaruan pada kelas uji Noe dan sistem Struktur untuk objek perubahan struktural internal. Nomor seri sekarang dapat direset, dan rantai ID informasi tidak lagi disimpan.
- Ditambahkan file ke suite bersama data uji untuk membantu melaksanakan PCA analisis struktural. Ini adalah N-domain dari kompleks CaM-IQ digunakan dalam analisis framing order. Ini adalah pertama 5 struktur dari panggilan ke fungsi frame_order.distribute pengguna, dengan kaku-tubuh yang berbeda bergabung kembali bersama-sama ke dalam molekul tunggal.
- Menciptakan structure.pca pengguna fungsi front end. Ini saat ini dimodelkan pada kerangka fungsi pengguna structure.rmsd.
- pelaksanaan Dasar fungsi back end structure.pca pengguna. Ini adalah PCA baru () fungsi modul pipe_control.structure.main. Ini hanya melakukan beberapa pemeriksaan, merakit koordinat atom, dan melewati kontrol ke bersantai pca_analysis perpustakaan () fungsi modul lib.structure.pca saat diimplementasikan.
- Partial dilaksanakan dari analisis PCA di bersantai perpustakaan. Ini adalah untuk fungsi structure.pca pengguna baru. Modul lib.structure.pca telah dibuat, dan pca_analysis () fungsi diciptakan untuk menghitung matriks struktur kovarians, melalui fungsi calc_covariance_matrix (), dan kemudian menghitung nilai eigen dan vektor eigen dari matriks kovarians, menyortir mereka dan truncating ke nomor yang dikehendaki dari mode PCA.
- Ditambahkan algoritma dan num_modes argumen untuk fungsi structure.pca pengguna. Ini melewati semua jalan ke bersantai backend perpustakaan.
- Diimplementasikan algoritma SVD untuk analisis PCA di bersantai perpustakaan. Ini hanya panggilan numpy.linalg.svd ().
- Analisis PCA di bersantai perpustakaan sekarang menghitung per struktur proyeksi sepanjang PC.
- PCA fungsi analisis dalam bersantai perpustakaan kini kembali data. Ini termasuk nilai-nilai PCA dan vektor, dan per struktur proyeksi.
- Nilai-nilai PCA dan vektor, dan per struktur proyeksi sekarang sedang disimpan. Ini adalah fungsi backend structure.pca pengguna dalam modul pipe_control.structure.main.
- Ditambahkan format dan argumen dir untuk fungsi structure.pca pengguna. Hal ini untuk depan dan belakang berakhir.
- Modifikasi assemble_structural_coordinates () metode untuk kembali informasi lebih lanjut. Ini dari modul pipe_control.structure.main. Daftar argumen boolean kini diterima yang akan menyebabkan fungsi untuk tambahan mengembalikan daftar objek ID per molekul, daftar nomor model per molekul, dan daftar nama molekul per molekul.
- Fungsi structure.pca pengguna sekarang menciptakan grafik dari proyeksi PC. Ini termasuk PC1 vs PC2, PC2 vs PC3, dll.
- Ditambahkan hasil Gromacs PCA untuk file distribution.pdb. Ini termasuk script yang digunakan untuk mengeksekusi semua bagian dari Gromacs dan semua file output.
- Updated hasil Gromacs PCA untuk versi 5.1.1 Gromacs terbaru.
- Dibuat tes sistem Structure.test_pca awal. Ini mengeksekusi fungsi structure.pca pengguna baru, dan memeriksa apakah data disimpan dalam cdp.structure.
- Peningkatan grafik di backend dari fungsi structure.pca pengguna. Grafik sekarang berkerumun sehingga model yang berbeda dari struktur yang sama dalam pipa data yang sama berada dalam satu grafik set. Header grafik juga telah ditingkatkan.
- Memperluas Structure.test_pca pengujian sistem pemeriksaan untuk membandingkan dengan nilai-nilai dari Gromacs.
- Struktur rata tertimbang sekarang dapat dihitung. Ini adalah untuk calc_mean_structure () fungsi bersantai lib.structure.statistics modul perpustakaan. Bobot sekarang dapat diberikan untuk masing-masing struktur untuk memungkinkan rata-rata tertimbang harus dihitung dan kembali.
- Ditambahkan dukungan untuk struktur pengamat dalam fungsi structure.pca pengguna. Hal ini memungkinkan bagian dari struktur yang digunakan dalam analisis PC untuk memiliki nol berat sehingga struktur ini dapat digunakan untuk tujuan perbandingan. The obs_pipes, obs_models, dan obs_molecules argumen telah ditambahkan ke front end fungsi pengguna. backend menggunakan ini untuk membuat array bobot untuk masing-masing struktur. Dan fungsi lib.structure.pca menggunakan nol bobot untuk menghapus struktur pengamat dari perhitungan modus PC.
- Dibuat tes sistem Structure.test_pca_observers. Ini adalah untuk menguji konsep struktur pengamat baru dari fungsi structure.pca pengguna.
- Peningkatan cetakan dari bersantai analisis komponen utama perpustakaan. Ini berada di pca_analysis () fungsi modul lib.structure.pca.
- Perbaikan dan perbaikan untuk grafik yang dihasilkan oleh fungsi structure.pca pengguna. Set yang berbeda sekarang benar dibuat, dan sekarang diberi label dalam plot.
- Menambahkan script menyebarkan pengujian, untuk penyebaran cepat di Google Cloud Computing. Ini adalah untuk dimaksudkan menginstal di Ubuntu 14.04 LTS.
- Memperluas skrip untuk instalasi.
- Menempatkan instalasi ke fungsi dalam script menyebarkan.
- Memisahkan menyebarkan script ke beberapa fungsi kecil.
- Menambahkan pernyataan pengecekan untuk menginstal script.
- Ketika sumber script, beberapa fungsi dapat dilakukan sebagai gantinya.
- ruang Ditambahkan ke menginstal script untuk pencetakan yang lebih baik.
- Menambahkan script tutorial.
- Menambahkan 2 script tutorial.
- Fix untuk kesalahan berputar ID kecil dalam naskah tutorial.
- Dibuat tes sistem untuk menangkap bug # 24131, yang BMRB kegagalan ekspor ketika objek SpinContainer tidak memiliki atribut S2, seperti dilansir Martin Ballaschk.
- Modified tes sistem Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition untuk memeriksa RelaxError. Hasil tes di RelaxError, sebagai hasil file berisi tidak berputar dipilih.
- Ditambahkan tes sistem Mf.test_bug_24131_missing_interaction untuk menangkap masalah lain. Ini adalah bagian dari bug # 24131, kegagalan ekspor BMRB dengan objek SpinContainer tidak memiliki nilai S2. Namun perbaikan sebelumnya melewatkan spin terpilih memperkenalkan masalah baru bersantai masih mencari interaksi interatomik untuk itu berputar terpilih.
- Perbaikan bug:
- direplikasi judul dalam versi HTML dari bersantai manual, dan karenanya direplikasi nama file HTML Timpa bagian sebelumnya, telah dieliminasi.
- Perbaiki untuk bug # 23933, yang "NameError: Nama global id 'tidak didefinisikan" masalah ketika loading data yang relaksasi. bug diperkenalkan kembali pada bulan November 2014, dan karena beberapa tidak lengkap kode penanganan error. Masalahnya adalah bahwa jenis spin yang data relaksasi milik (@N vs @H) belum ditentukan. Sekarang RelaxMultiSpinIDError benar dinaikkan. Variabel id tidak ada -. Itu kode yang direncanakan untuk ditambahkan, tapi tidak pernah dan lupa
- Fix untuk CSA persamaan konstan dalam bab model bebas dari manual. Ini ditemukan oleh Christina Moller dan melaporkan tentang bersantai-pengguna mailing list.
- Bug fix untuk penyimpanan XML objek struktural dalam file negara dan hasil. Sebelumnya benda ditambahkan ke cdp.structure (atau benda struktur) tidak akan diselamatkan dengan metode struktural objek to_xml () kecuali fungsi secara eksplisit dimodifikasi untuk menyimpan objek. Sekarang semua objek ini akan dikonversi ke XML.
- Fix untuk analisis dispersi relaksasi di GUI, seperti tertangkap oleh tes Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Ketika loading dari file negara skrip, nilai None dapat hadir. Ini sekarang diatur ke nilai standar.
- Fix untuk menjalankan bersantai di server tanpa tampilan grafis dan menggunakan matplotlib. kesalahan ditemukan dengan tes sistem Relax_disp.test_repeat_cpmg. Dan kesalahan yang dihasilkan adalah: QXcbConnection: Tidak dapat terhubung untuk menampilkan. Dibatalkan (inti dibuang). Backend dari matplotlib harus diubah. Hal ini misalnya dijelaskan dalam: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display dan http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
- Modifikasi perilaku bmrb.write fungsi pengguna backend untuk analisis model bebas (fix untuk bug # 24131). Ini adalah dalam metode bmrb_write () dari model-bebas analisis API. spin terpilih sekarang dilewati dan cek telah ditambahkan untuk memastikan bahwa berputar data telah dirakit.
- fix lain untuk bug # 24131, kegagalan ekspor BMRB ketika objek SpinContainer tidak memiliki atribut S2. Sekarang tidak ada data yang disimpan dalam file BMRB jika model model bebas belum diatur untuk spin. Hal ini memungkinkan test suite untuk lulus.
- Bug fix untuk memungkinkan pengujian sistem Mf.test_bug_24131_missing_interaction untuk lulus. Ini adalah bagian dari bug # 24131, kegagalan ekspor BMRB dengan objek SpinContainer tidak memiliki nilai S2. Masalahnya adalah ketika merakit data difusi tensor. The spin_loop () fungsi itu dipanggil, sebagai difusi tensor dilaporkan untuk semua residu. Oleh karena itu skip_desel yang = True telah ditambahkan untuk mencocokkan model bagian bebas.
Apa yang baru di versi 4.0.0:
- Fitur:
- akhir, lengkap, dan benar pelaksanaan urutan teori frame untuk mempelajari kaku gerakan tubuh. Ini adalah saat untuk menganalisis RDC dan PCS data dari sistem selaras internal.
- Perubahan:
- Penghapusan fungsi frame_order.average_position pengguna dan semua kode backend terkait. Fungsi pengguna ini memungkinkan pengguna untuk menentukan lima jenis perpindahan ke posisi domain bergerak rata-rata: rotasi murni, tanpa terjemahan, sekitar poros gerakan dalam sistem; rotasi tentang poros gerakan sistem bersama-sama dengan terjemahan; terjemahan murni tanpa rotasi; rotasi tentang pusat massa domain bergerak tanpa terjemahan; rotasi tentang pusat massa domain bergerak bersama-sama dengan terjemahan. Sekarang opsi terakhir akan menjadi default dan satu-satunya pilihan. Pilihan ini setara dengan algoritma standar superimposisi (algoritma Kabsch) untuk struktur hipotetis pada posisi rata-rata yang sebenarnya. Empat lainnya adalah karena sejarah perkembangan teori. Batas ini kegunaan dari teori dan hanya akan menyebabkan kebingungan.
- Bersihkan bingkai urutan kode fungsi target. Hal ini sesuai dengan perubahan sebelumnya penghapusan fungsi frame_order.average_position pengguna. Perubahan meliputi penghapusan bendera terjemahan optimasi seperti ini sekarang selalu dilakukan, dan penghapusan bendera yang menyebabkan titik rotasi domain poros rata untuk mencocokkan pivot point menggerakkan seperti ini sekarang secara permanen dipisahkan.
- pemesanan Abjad fungsi dalam modul lib.frame_order.pseudo_ellipse.
- Dieliminasi semua model 'garis' order bingkai, karena mereka belum diimplementasikan. Ini hanya kode frontend -. Backend tidak ada
- Updated kerucut CaM skrip model uji bingkai rangka optimasi isotropik. Karena semua perubahan dalam analisis framing order, naskah tua itu tidak lagi fungsional.
- Dibuat script untuk frame CaM model uji rangka untuk menemukan posisi domain rata-rata. Sebagai rotasi poros tetap telah dieliminasi, pergeseran dari 1J7P_1st_NH_rot.pdb ke 1J7P_1st_NH.pdb harus diubah menjadi terjemahan dan rotasi tentang com. Script ini akan digunakan untuk menggantikan poros rotasi Euler sudut dengan vektor terjemahan dan COM rotasi Euler sudut. Namun fungsi pengguna structure.superimpose akan perlu dimodifikasi untuk menangani kedua massa superimposisi standar serta superimposisi com.
- Updated frame CaM tes agar naskah Model superimposisi. Fungsi pengguna structure.superimpose sekarang benar disebut. Output file log telah ditambahkan ke repositori karena mengandung terjemahan yang benar dan Euler informasi rotasi diperlukan untuk model uji.
- Pembaruan Parameter untuk kerucut CaM skrip model uji bingkai rangka optimasi isotropik. Euler sudut untuk rotasi poros menggerakkan telah digantikan oleh parameter rotasi com vektor terjemahan dan sudut Euler.
- Fix untuk sejumlah model bingkai agar yang tidak memiliki kendala parameter. The linear_constraint () fungsi itu kembali A, b = [], [] untuk model ini, tetapi ini array numpy kosong yang menyebabkan perpustakaan minfx gagal. Nilai-nilai ini sekarang tertangkap dan algoritma kendala dimatikan dalam () metode API spesifik meminimalkan.
- Peningkatan ketepatan semua data dalam frame CaM tes script perintah dasar pembuatan data. Ini semuanya telah dikonversi dari float16 ke float64 jenis numpy.
- Fix untuk kesalahan pengaturan RDC dalam bingkai CaM tes script perintah dasar pembuatan data. Struktur rdc_err data terletak di wadah data yang interatomik, tidak ada wadah berputar.
- Modifikasi struktur pemuatan bagian dari frame CaM skrip basis generasi agar data. Struktur kini hanya diambil jika bendera DIST_PDB diatur, karena mereka hanya digunakan untuk menghasilkan distribusi 3D struktur. Ini menghemat banyak waktu dan memori komputer.
- speedup besar dari frame CaM skrip basis pembuatan data uji order. Dengan menggunakan array numpy multidimensi untuk menyimpan posisi atom dan satuan XH vektor dari semua berputar, dan melakukan rotasi pada struktur tersebut menggunakan numpy.tensordot (), perhitungan sekarang faktor 10 kali lebih cepat. Kemajuan meteran harus diubah untuk menunjukkan setiap 1000 bukan 100 iterasi. Rotasi posisi dan vektor sekarang dilakukan secara berurutan, sengaja memperbaiki bug dengan model gerakan ganda (yaitu 'ganda rotor' model).
- Modified frame CaM tes perintah dasar pembuatan data script untuk menghemat RAM komputer. Vektor XH dan atom struktur data posisi untuk semua rotasi N sekarang dari numpy.float32 daripada jenis numpy.float64. Perubahan utama adalah untuk menghitung RDC rata-rata dan rata-rata PCSs secara terpisah, menghapus struktur data N-berukuran sekali file data ditulis.
- desain ulang lengkap dari frame CaM dasar skrip generasi agar data untuk kecepatan dan memori tabungan. Meskipun vektor obligasi XH diputar dan kode posisi atom sangat cepat, jumlah memori yang dibutuhkan untuk menyimpan ini dalam wadah berputar dan kontainer Data interatomik besar ketika N & gt; 1E6. The rdc.back_calc dan pcs.back_calc pengguna fungsi panggilan berikutnya juga akan memakan waktu terlalu lama. Oleh karena itu script dasar telah didesain ulang. The _create_distribution () metode telah dibagi menjadi empat: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), dan _pipe_setup (). The _pipe_setup () metode ini disebut pertama yang mendirikan pipa data dengan semua data yang dibutuhkan. Kemudian _calculate_rdc () dan _calculate_pcs () metode, dan akhirnya _create_distribution () jika bendera DIST_PDB diatur. Panggilan ke rdc.back_calc dan pcs.back_calc fungsi pengguna telah dieliminasi. Sebaliknya _calculate_rdc () dan _calculate_pcs () metode menghitung RDC rata-rata dan PCS diri mereka sebagai numpy struktur larik. Daripada menyimpan vektor diputar dan atom posisi struktur data besar, RDC dan PCSs dijumlahkan. Ini kemudian dibagi dengan self.N pada akhir untuk rata-rata nilai. Dibandingkan dengan kode lama, ketika N diatur ke 20 juta penggunaan RAM turun dari ~ 20 GB untuk ~ 65 MB. Total waktu berjalan juga menurun pada satu sistem dari beberapa hari sampai beberapa jam (perintah atau dua besarnya).
- Berubah kemajuan meteran memperbarui untuk frame CaM tes script perintah dasar pembuatan data. spinner itu terlalu cepat, memperbarui setiap 5 bertahap, dan sekarang diperbarui setiap 250. Dan jumlah total sekarang hanya dicetak setiap 10.000 bertahap.
- Perbaikan pada progres untuk frame CaM skrip basis pembuatan data uji order. Koma sekarang dicetak antara ribuan dan jumlahnya sekarang benar dibenarkan.
- Peningkatan besar dalam akurasi RDC dan PCS averaging. Ini adalah untuk frame CaM skrip basis pembuatan data uji order. Dengan menjumlahkan RDC dan PCSs ke 1D array numpy.float128 (untuk ini, sistem 64-bit diperlukan), dan kemudian membaginya dengan N di akhir, nilai rata-rata dapat dihitung dengan akurasi yang jauh lebih tinggi. Sebagai N menjadi lebih besar, rata-rata numerik memperkenalkan jumlah yang lebih besar dan lebih besar dari artefak pemotongan. Jadi perubahan ini meredakan ini.
- Fix untuk RDC dan PCS rata-rata dalam bingkai CaM tes script perintah dasar pembuatan data. Untuk model rotor ganda, atau model modus menggerakkan beberapa, rata-rata yang tidak benar. Alih-alih membaginya dengan N, nilai-nilai harus dibagi dengan N ^ M, di mana M adalah jumlah mode menggerakkan.
- peningkatan besar dalam presisi untuk CaM bingkai agar rotor gratis data uji Model. Presisi tinggi karena struktur nomor dalam distribusi sekarang dua puluh juta lebih dari satu juta, dan jauh lebih tinggi rata-rata presisi numpy.float128 dari script dasar diperbarui pembuatan data telah digunakan. Data ini harus memungkinkan untuk perkiraan yang lebih baik dari beta dan gamma rata domain nilai parameter posisi untuk model rotor gratis yang dipengaruhi oleh runtuhnya parameter alpha ke nol.
- peningkatan besar dalam presisi untuk CaM bingkai urutan ganda rotor data uji Model. Presisi tinggi karena struktur nomor dalam distribusi sekarang lebih dari dua puluh juta (4500 ^ 2) daripada seperempat juta (500 ^ 2). Dan jauh lebih tinggi rata-rata presisi numpy.float128 dari script dasar diperbarui pembuatan data telah digunakan.
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
Yaitu.
Apa yang baru di versi 3.3.4:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 3.3.1:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 3.3.0:
- Perubahan:
Apa yang baru di versi 3.1.5:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 3.1.3:
- Perubahan:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 3.1.1:
- Perubahan:
Apa yang baru di versi 3.1.0:
- Perubahan:
- & Gt;
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 3.0.1:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 3.0.0:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 2.2.2:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 2.2.1:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 2.1.2:
- Perubahan:
Apa yang baru di versi 2.1.1:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 2.1.0:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 2.0.0:
- Perubahan:
Apa yang baru di versi 1.3.16:
- Perubahan:
- Perbaikan bug:
Apa yang baru di versi 1.3.9:
Persyaratan :
Komentar tidak ditemukan