Biopython

Dikembangkan sebuah tim internasional pengembang itu upaya kolaboratif didistribusikan untuk mengembangkan Python perpustakaan dan aplikasi yang memenuhi kebutuhan karya saat ini dan di masa depan bioinformatika.

Apa yang baru di rilis ini:.

• Bio.Phylo sekarang memiliki modul konstruksi pohon dan konsensus, dari pada GSoC bekerja dengan Yanbo Ye
• Bio.Entrez sekarang akan secara otomatis men-download dan cache file NCBI DTD baru untuk XML parsing di bawah direktori home user (menggunakan ~ / .biopython di Unix seperti sistem, dan $ APPDATA / biopython pada Windows).
• Bio.Sequencing.Applications sekarang termasuk pembungkus untuk alat samtools baris perintah.
• Bio.PopGen.SimCoal sekarang juga mendukung fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-teks, hmmer3-tab, dan hmmer3-domtab sekarang mendukung keluaran dari hmmer3.1b1.
• BioSQL sekarang dapat menggunakan paket mysql-connector (tersedia untuk Python 2, 3 dan PyPy) sebagai alternatif untuk MySQLdb (Python 2 saja) untuk melakukan koneksi ke database MySQL.

Apa yang baru dalam versi 1.63:

• Sekarang menggunakan Python 3 gaya built-in fungsi berikutnya di tempat .next Python 2 gaya iterator '() metode.
• Versi saat ini dihapus kebutuhan perpustakaan 2to3.

Apa yang baru dalam versi 1.62.

• rilis Pertama Biopython yang resmi mendukung Python 3

Apa yang baru dalam versi 1.60:

• Modul Baru Bio.bgzf mendukung membaca dan menulis file BGZF ( Diblokir GNU Zip Format), sebuah varian dari GZIP dengan akses random efisien, paling sering digunakan sebagai bagian dari format file BAM dan tabix.
• The GenBank / EMBL parser akan sekarang memberikan peringatan pada lokasi fitur yang belum diakui dan terus parsing (meninggalkan lokasi fitur sebagai None).
• The Bio.PDB.MMCIFParser kini disusun secara default (namun masih belum tersedia di bawah Jython, PyPy atau Python 3).

Apa yang baru dalam versi 1.59:

• Bio.TogoWS modul baru menawarkan pembungkus untuk TogoWS SISA API.
• The NCBI Entrez Ambil fungsi Bio.Entrez.efetch telah diperbarui untuk menangani penanganan NCBI ketat dari beberapa ID argumen di EFetch 2.0.

Apa yang baru dalam versi 1,58:

• Sebuah antarmuka baru dan parser untuk PAML (Phylogenetic Analisis oleh Maximum Likelihood) paket program, codeml pendukung, baseml dan yn00 serta Python ulang pelaksanaan Chi2 ditambahkan sebagai modul Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO sekarang termasuk dukungan baca untuk file ABI (& quot; Sanger & quot; kapiler sequencing jejak file, yang berisi disebut urutan dengan kualitas Phred)
.
• The Bio.AlignIO & quot; fasta-M10 & quot; parser telah diperbarui untuk mengatasi garis penanda seperti yang digunakan dalam Bill Pearson FASTA versi 3.36.

Apa yang baru dalam versi 1.57.

• Biopython sekarang dapat diinstal dengan pip

Apa yang baru dalam versi 1.56:

• The Bio.SeqIO modul telah diperbarui untuk mendukung protein EMBL file (digunakan untuk database paten), file IMGT (varian dari format file EMBL, dengan bantuan dari Uri Laserson), dan UniProt file XML.

Apa yang baru dalam versi 1,55:

• Banyak pekerjaan telah menuju Python 3 dukungan (melalui script 2to3), tetapi jika kita melanggar sesuatu yang seharusnya tidak melihat perubahan apapun.
• Dalam hal fitur baru, sorot paling nyata adalah bahwa kelas wrapper baris perintah alat aplikasi sekarang executable, yang seharusnya membuat lebih mudah untuk memanggil alat eksternal.

Persyaratan :

• Python 2.6 atau lebih tinggi