PathVisio

PathVisio merupakan open source dan aplikasi grafis benar-benar bebas diimplementasikan dalam bahasa pemrograman Java dan dirancang dari bawah ke atas akan digunakan untuk menampilkan, menganalisa dan mengedit jalur biologis di bawah operasi GNU / Linux system.Can digunakan untuk menggambar jalur , menghubungkan software entitiesThe biologis memungkinkan pengguna untuk menggambar jalur, menghubungkan entitas biologis (protein atau gen) data biologis, menggunakan pengidentifikasi basis data, mengedit jalur, serta untuk menganalisis jalur. Dengan PathVisio Anda juga akan dapat memetakan data eksperimen, seperti data microarray, dan memvisualisasikan hal di atas gambar jalur yang ada.
Selain itu, Anda akan dapat memilih database gen, pilih database metabolik, melihat statistik, data ekspresi impor, pilih dataset ekspresi, jalur pencarian, tampilan legenda, memanipulasi objek, proyek impor, serta untuk menginstal dan mengelola plugin, yang dapat menambahkan fungsi tambahan untuk app.Requires ada aplikasi installationThe dapat digunakan tanpa menginstal pada sistem operasi GNU / Linux. Yang harus Anda lakukan adalah untuk men-download paket biner dari Softoware, menyimpan arsip pada lokasi pilihan Anda, ekstrak menggunakan utilitas manajer arsip, buka direktori diekstrak, dan klik dua kali pada pathvisio.jar file.Under yang hoodWhile mengambil cepat melihat di bawah kap software PathVisio, kami & rsquo; telah memperhatikan bahwa aplikasi tersebut seluruhnya ditulis dalam bahasa pemrograman Java, dan antarmuka pengguna grafis yang dirancang dengan teknologi Java Swing terbaru. Kami & rsquo; telah berhasil menguji aplikasi pada komputer yang mendukung salah satu dari 32 atau 64-bit architectures.Runs CPU di OS mana Jawa supportedBeing ditulis dalam bahasa pemrograman Java, PathVisio dapat dinyatakan sebagai aplikasi platform-independen yang mendukung GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, dan sistem operasi lain di mana teknologi Java terbaru yang didukung

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• 31 Januari 2014: Bug memperbaiki rilis
• istilah GeneOntology sekarang dihapus dari hasil pencarian untuk penjelasan
• DataNodes perlu dijelaskan dengan ID dan DataSource atau tidak (menyimpan node data dengan hanya ID atau sumber data tidak diperbolehkan lagi)

Apa yang baru dalam versi 3.1.2:

• bug utama dalam modul file impor tetap: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Apa yang baru dalam versi 2.0.11:

• autosave
• Zoom menggunakan roda gulir
• Pemilihan jalur lebih mudah: tidak perlu lagi klik pada pixel yang tepat
• Sekarang dengan dua metode untuk analisis lebih-representasi; satu jalur yang berorientasi dan satu berorientasi data

Apa yang baru dalam versi 2.0.10:

• cara baru gambar bulat persegi panjang untuk menghindari peregangan efek
• Berbagai perbaikan bug kecil

Apa yang baru dalam versi 2.0.9:

• jenis konektor baru untuk konektor panjang sewenang-wenang dan sewenang-wenang sudut
• New & quot; komponen seluler & quot; properti untuk menyimpan arti biologis kompartemen
• New & quot; ganda & quot; jenis garis (terutama berguna untuk organel ganda membraned)
• hyperlink diklik di jalur
• lihat tonggak: & quot; milestone_27 & quot; untuk daftar lengkap perbaikan bug

Apa yang baru dalam versi 2.0.8:

• Peningkatan bentuk komponen seluler
• Beberapa perbaikan kegunaan seperti copy / paste dalam menu popup
• lihat tonggak: & quot; milestone_26 & quot; untuk daftar lengkap perbaikan bug

Apa yang baru dalam versi 2.0.7:

• ikon toolbar dan panel samping baru untuk memudahkan untuk memilih jenis panah dan bentuk (terima kasih liubing)
• database Pathway dimasukkan sebagai sumber data, sehingga Anda dapat menambahkan link dari satu jalur ke yang lain
• BioPAX converter telah diperbaiki dan menghasilkan dokumen BioPAX lebih valid.
• jenis konektor baru di mana poin individu dapat dimanipulasi (terima kasih leonth)
• Jumlah sumber data telah meningkat menjadi lebih dari 180
• lihat tonggak: & quot; milestone_25 & quot; untuk daftar lengkap perbaikan bug

Apa yang baru dalam versi 2.0.6:

• Jumlah jangkar pada bentuk dapat ditingkatkan dari default 12.
• Sebuah legenda visualisasi data sekarang dapat ditampilkan pada gambar jalur itu sendiri. Sebelumnya itu hanya terlihat di panel samping.
• lihat tonggak: & quot; milestone_24 & quot; untuk daftar lengkap perbaikan bug

Apa yang baru dalam versi 2.0.4:

• ditingkatkan format teks bentuk, label dan datanodes
• banyak bentuk untuk datanodes
• koordinat pixel sederhana
• mengatur latar belakang warna pada datanodes

Apa yang baru dalam versi 2.0.3:

• Paling penting dalam rilis ini adalah XML Schema baru untuk format GPML jalur (versi 2010a). Format jalur baru ini akan memungkinkan banyak kemampuan grafis baru masa depan, Anda dapat berharap untuk beberapa dari mereka muncul dalam rilis berikutnya.
• Fitur baru lainnya:
• jangkar Terlihat benar-benar tak terlihat, setidaknya ketika ada sesuatu yang terhubung ke mereka (Terima kasih kepada Margot)
• opsi baris perintah -v Extra (terima kasih kepada Mark)
• database yang saat ini dipilih akan ditampilkan dengan benar di status bar lagi
• Banyak poin ekstensi baru untuk pengembang Plugin
• lihat tonggak: & quot; milestone_21 & quot; untuk daftar lengkap perbaikan bug

Apa yang baru dalam versi 2.0.1:

• Peningkatan algoritma untuk konektor otomatis yang menunjuk ke sebuah anchor
.
• Peningkatan gambar panah jenis yang memiliki pendek & quot; gap & quot; di akhir.
• Karena layanan thawte freemail telah dibatalkan, kami memperbarui kami Sertifikat Keamanan
• The Pathway Sejarah penampil memiliki bug di mana setiap baris dianggap dimodifikasi, bahkan jika itu tidak. Hal ini telah diperbaiki.

Persyaratan :

• Runtime Environment Edition Oracle Java Standard