mpiBLAST merupakan implementasi paralel berbasis MPI dari NCBI BLAST. Proyek ini terdiri dari sepasang program yang mengganti formatdb dan blastall dengan versi yang menjalankan pekerjaan BLAST secara paralel pada sekelompok komputer dengan MPI diinstal. Ada dua keuntungan utama untuk menggunakan mpiBLAST dibandingkan BLAST tradisional.
Pertama, mpiBLAST membagi database di setiap node di cluster. Karena segmen masing-masing node database lebih kecil biasanya dapat berada di buffer cache, menghasilkan percepatan yang signifikan karena penghapusan disk I / O. Kedua, memungkinkan pengguna BLAST untuk mengambil keuntungan dari efisien, murah cluster Beowulf karena tuntutan komunikasi interprocessor rendah.
mpiBLAST mencapai speedup super-linear dalam situasi di mana database terlalu besar untuk masuk ke dalam RAM, dan dekat linear percepatan dalam situasi lain. Tidak memerlukan cluster khusus.
Persyaratan:
Komentar tidak ditemukan