MetagenomeDB

Software screenshot:
MetagenomeDB
Rincian Software:
Versi: 0.2.2
Tanggal Upload: 12 May 15
Pengembang: Aurelien Mazurie
Lisensi: Gratis
Popularitas: 7

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

MetagenomeDB adalah perpustakaan Python dirancang untuk mudah menyimpan, mengambil dan keterangan urutan metagenomic & nbsp;. MetagenomeDB bertindak sebagai lapisan abstraksi di atas database MongoDB. Ini menyediakan API untuk membuat dan memodifikasi dan menghubungkan dua jenis benda, yaitu urutan dan koleksi:
& Nbsp; * urutan (kelas urutan) dapat membaca, contigs, PCR klon, dll
& Nbsp; * koleksi (Collection kelas) merupakan set urutan; misalnya, dibaca dihasilkan dari urutan sampel, contigs dirakit dari serangkaian berbunyi, perpustakaan PCR
Setiap objek dapat dijelaskan dengan menggunakan sintaks kamus seperti:
# Pertama, kita mengimpor perpustakaan
impor MetagenomeDB sebagai mdb
# Maka kita membuat objek urutan baru dengan dua
# (Wajib) sifat, 'nama' dan 'urutan'
s = mdb.Sequence ({"nama": "My urutan", "urutan": "atgc"})
# Objek sekarang dapat dijelaskan
print s ["panjang"]
s ["tipe"] = "membaca"
# Sekali dimodifikasi, objek harus berkomitmen
# Ke database untuk modifikasi tetap
s.commit ()
Objek dari jenis urutan atau Koleksi dapat terhubung satu sama lain untuk mewakili berbagai dataset metagenomic. Contohnya termasuk, namun tidak terbatas pada:
& Nbsp; * koleksi membaca dihasilkan dari sekuensing run (hubungan antara beberapa urutan objek dan satu Collection)
& Nbsp; * set contigs dihasilkan dari perakitan satu set berbunyi (hubungan antara dua Koleksi benda)
& Nbsp; * membaca yang merupakan bagian dari sebuah contig (hubungan antara beberapa urutan objek dan satu urutan)
& Nbsp; * urutan yang mirip dengan urutan lain (hubungan antara dua urutan objek)
& Nbsp; * koleksi yang merupakan bagian dari koleksi yang lebih besar (hubungan antara dua Koleksi benda)
Hasilnya adalah jaringan urutan dan koleksi, yang dapat dieksplorasi menggunakan metode khusus; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Masing-masing dari mereka metode memungkinkan untuk filter canggih menggunakan sintaks query MongoDB:
# Daftar semua koleksi tipe 'collection_of_reads'
# Urutan 's' milik
koleksi = s.list_collections ({"type": "collection_of_reads"})
# Daftar semua urutan yang juga milik koleksi ini
# Dengan panjang minimal 50 bp
untuk c di koleksi:
& Nbsp; c.list_sequences cetak ({"panjang": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB juga menyediakan satu set alat baris perintah untuk mengimpor urutan nukleotida, urutan protein, BLAST dan FASTA keselarasan algoritma output, dan ACE file perakitan. . Alat-alat lain yang disediakan untuk menambah atau menghapus beberapa objek, atau untuk memberikan keterangan

Persyaratan :

  • Python

Software yang serupa

PathVisio
PathVisio

18 Feb 15

VULCAN
VULCAN

20 Feb 15

RFLP planner
RFLP planner

3 Jun 15

Komentar untuk MetagenomeDB

Komentar tidak ditemukan
Tambahkan komentar
Aktifkan gambar!