E-Cell System

E-Cell System adalah konsep membangun sel virtual pada komputer.
E-Cell System merupakan perangkat lunak berorientasi objek suite untuk pemodelan, simulasi, dan analisis sistem yang kompleks skala besar seperti sel biologis, architected oleh Kouichi Takahashi dan ditulis oleh tim yang indah dari pengembang. Inti bagian dari sistem, E-Sel Simulasi Lingkungan versi 3, memungkinkan banyak komponen didorong oleh beberapa algoritma dengan rentang waktu yang berbeda untuk hidup berdampingan.
Proyek E-Cell adalah sebuah proyek penelitian internasional yang bertujuan untuk mengembangkan dukungan teoritis yang diperlukan, teknologi dan platform perangkat lunak untuk memungkinkan simulasi sel seluruh tepat.
E-Cell Sistem terdiri dari tiga bagian utama sebagai berikut:
- E-Cell Simulasi Lingkungan (atau E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Lingkungan (atau E-Cell Yang ME)
- E-Cell Analisis Toolkit

Fitur :

• Dasar kemampuan:
• pemodelan berorientasi objek dan simulasi sistem yang kompleks.
• Plug-in arsitektur. Baru kelas user-objek dapat dikembangkan, dinamis dimuat, dan digunakan dalam simulasi.
• Real-time interaksi pengguna dan visualisasi selama simulasi.


• Scripting:
• Python scripting dari sesi simulasi (run / stop / parameter manipulasi / pengolahan data dll ...).
• Python scripting dari percobaan simulasi yang melibatkan banyak berjalan dari sesi simulasi (seperti parameter tuning, analisis kontrol metabolik dll ..)
• Python scripting generasi file model (misalnya untuk konstruksi model otomatis dari database).


• Kompatibilitas:
• tingkat SBML 1/2 mengimpor.
• tingkat SBML 1/2 ekspor.


• perhitungan Paralel:
• bersama-memori, multi-thread paralelisasi dari sesi simulasi tunggal. (Untuk digabung ke dalam cabang utama.)
• Cluster dan grid didistribusikan perhitungan beberapa sesi simulasi. Sun Grid Engine (Globus toolkit).

Apa yang baru dalam rilis ini:.

• Versi ini menambahkan berbagai perbaikan bug

Apa yang baru dalam versi 3.1.107 RC2:

• Fixed bug di ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Fixed bug di ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Apa yang baru dalam versi 3.1.107 RC1:

• masalah kompilasi Tetap di GCC yang lebih baru (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• pyecs Terpadu dalam pyecell. (Moriyoshi)
• ecell.emc Digabung ke ecell.ecs untuk menghindari initializer keanehan statis di beberapa platform yang (termasuk Mac OS X). (Moriyoshi)
• Dua frontends GUI (sesi-monitor dan model-editor) yang diperbaharui menjadi dua paket modul python, ecell.ui.osogo dan ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Pindah GtkSessionMonitor untuk ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor yang berada di ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Berganti nama ecell.SessionManager untuk ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Dihapus konstanta berikut dari ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)