CodonW

CodonW adalah program yang dirancang untuk menyederhanakan analisis multivariat (analisis korespondensi) penggunaan kodon dan asam amino. Hal ini juga menghitung indeks standar penggunaan kodon. Memiliki baik menu dan antarmuka baris perintah.
Proyek CodonW ditulis oleh John Peden di lab Paul Sharp, Departemen Genetika, Universitas Nottingham. John bekerja dalam genetika manusia dan saat ini bekerja sebagai manajer database ProCardis di WTCHG di Oxford University.
Berikut adalah beberapa fitur kunci dari "CodonW":
· Ditulis dalam ANSI compliant C
· Menu didorong
· Jumlah luas opsi baris perintah
· Kode genetik independen
· Tidak ada batas
1. jumlah urutan
Panjang 2. Urutan
· Menghitung indeks penggunaan kodon
Indeks adaptasi Kodon: 1. CAI
2. Fop: Frekuensi kodon optimal
3. Nc: jumlah Efektif kodon
4. CBI: Kodon Bias Indeks
· Menghitung indeks asam amino
Rata 1. SAUS
2. Aromatisitas
· Menghitung analisis korespondensi
1. Kodon Penggunaan
2. RSCU (Relative penggunaan kodon sinonim)
3. Amino penggunaan asam
· Analisis korespondensi
1. dapat mencakup / mengecualikan kodon / asam amino
2. dapat menghasilkan laporan rinci dari tren
3. upaya untuk mengidentifikasi kodon optimal secara otomatis
4. dapat memungkinkan data tambahan set yang akan ditambahkan
5. mencatat sejumlah tren
· Menghitung parameter gen
Panjang 1. Gene
2. GC, GC3s dan kodon posisi G spesifik + C
3. Komposisi Dinucleotide (di semua tiga frame kodon)
4. Amino penggunaan asam
5. Relatif penggunaan asam amino
6. penggunaan Kodon
7. Relatif penggunaan kodon Identik
· Bisa konseptual diterjemahkan urutan ke protein
· Memformat ulang data sekuens
· Manusia atau mesin keluaran dibaca
· Bisa menggabungkan gen (sementara melestarikan reading frame) untuk menghitung
1. penggunaan kodon keseluruhan
Konten 2. GC
Komposisi 3. Dinucleotide
· Menghasilkan tabel kodon, asam amino, atau penggunaan RSCU
· Bahkan bisa membantu Anda mempelajari kode genetik.
· Dan banyak lagi