CaPSID

Software screenshot:
CaPSID
Rincian Software:
Versi: 1.4.3
Tanggal Upload: 20 Feb 15
Pengembang: Shane Wilson
Lisensi: Gratis
Popularitas: 28

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

kapsid adalah sebuah platform yang komprehensif open source yang mengintegrasikan pipa komputasi kinerja tinggi untuk identifikasi urutan patogen & nbsp; dan karakterisasi dalam genom manusia dan transcriptomes bersama-sama dengan hasil database yang scalable dan aplikasi perangkat lunak berbasis web yang user-friendly untuk mengelola, query dan memvisualisasikan hasil.
Persiapan
Anda akan membutuhkan database MongoDB, Python 2.6+ instalasi dan Apache Tomcat 6 +. Untuk lebih jelasnya, baca wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What baru dalam rilis ini:

  • Perbaikan Pesan galat saat menjalankan pengurangan dan keselarasan tidak ditemukan
  • bekerja lebih pada memperbaiki query berjalan lama

Apa yang baru dalam versi 1.4.2:

  • Menghapus MongoKit ketergantungan

Apa yang baru dalam versi 1.4.1:

  • Perbaikan kursor batas waktu lama query statistik berjalan

Apa yang baru dalam versi 1.4.0:

  • Menambahkan statistik saat mereka sedang berjalan daripada semua pada akhir
  • Menyimpan id unik untuk gen sebagai uid

Apa yang baru dalam versi 1.2.7:

  • Perbaikan README

Apa yang baru dalam versi 1.2.6:

  • Pengurangan menyaring belum dipetakan ketika bangunan yang dipetakan dibaca

Apa yang baru dalam versi 1.2:

  • Utility untuk membuat file FastQ dari belum dipetakan membaca
  • Utility untuk mengembalikan persimpangan file FastQ
  • Utility untuk mengembalikan file penyaring FastQ
  • Ditambahkan mapq ambang bendera untuk pengurangan
  • Gbloader sekarang dapat memuat bakteri dan jamur genom
  • Menyimpan urutan genom ke database menggunakan GridFS
  • Mengurangi jejak memori ketika menghitung statistik
  • menggunakan subproses bukannya os.system
  • skor mapq Filter perlu menyertakan 0

Apa yang baru di versi 1.1:

  • Menambahkan dukungan untuk pasangan-end membaca

Apa yang baru di versi 1.0.1:

  • Ditambahkan dukungan untuk otentikasi MongoDB

Persyaratan :

  • Python

Software yang serupa

Adun
Adun

3 Jun 15

PEATDB
PEATDB

14 Apr 15

LSim
LSim

2 Jun 15

STEME
STEME

20 Feb 15

Komentar untuk CaPSID

Komentar tidak ditemukan
Tambahkan komentar
Aktifkan gambar!